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第一支队司令员 [[ 陈毅 ]] ，副司令员 [[ 傅秋涛 ]] ，参谋长 [[ 胡发坚 ]] ，政治部主任 [[ 刘炎 ]] 。辖第一团、第二团。第一团由湘鄂赣边红军游击队组成，团长 [[ 傅秋涛 ]] 兼，副团长 [[ 江渭清 ]] 。第二团由赣粤边、湘赣边、皖浙赣边红军游击队和湘南游击区的湘粤赣游击支队组成，团长 [[ 张正坤 ]] ，副团长 [[ 刘培善 ]] 。

第二支队司令员 [[ 张鼎丞 ]] ，副司令员 [[ 粟裕 ]] ，参谋长 [[ 罗忠毅 ]] ，政治部主任 [[ 王集成 ]] 。辖第三团、第四团。第三团由闽西、闽赣边红军游击队组成，团长 [[ 黄火星 ]] ，副团长 [[ 邱金声 ]] 。第四团由闽粤边、闽西、浙南红军游击队组成，团长 [[ 卢胜 ]] ，副团长 [[ 叶道志 ]] 。

第三支队司令员 [[ 张云逸]](兼)，副司令员 [[ 谭震林 ]] ，参谋长 [[ 赵凌波 ]] ，政治部主任 [[ 胡荣 ]] 。辖第五团、第六团。第五团由闽北游击队组成，团长 [[ 饶守坤 ]] ，副团长 [[ 曾昭铭 ]] ，第六团由闽东游击队组成，团长 [[ 叶飞 ]] ，副团长 [[ 吴焜 ]] 。

第四支队司令员 [[ 高敬亭 ]] ，参谋长 [[ 林维先 ]] ，政治部主任 [[ 萧望东]](后戴季英)。辖第七团、第八团、第九团和手枪团。第七团由鄂豫皖边的红军第二十八军一部组成，团长 [[ 杨克志 ]] ，政治委员 [[ 曹玉福 ]] 。第八团由鄂豫边红军游击队组成，团长 [[ 周骏鸣 ]] ，政治委员 [[ 林恺 ]] 。第九团由红军第二十八军八十二师特务营和鄂东北独立团组成，团长 [[ 顾士多 ]] ，政治委员 [[ 高志荣 ]] 。手枪团由红军第二十八军手枪团和部分便衣队组成，团长 [[ 詹化雨 ]] ，政治委员 [[ 汪少川 ]] 。

特务营由湘南、闽中红军游击队组成。营长 [[ 彭子 龙1939 龙]]1939 年2月，中共中央军委副主席 [[ 周恩来 ]] 到皖南视察，与新四军领导人商定了“向南巩固，向东作战，向北发展”的战略方针。根据这一方针，5月成立江北指挥部，统一领导第4支队和7月新编的第5支队，江北游击纵队。第4支队开辟了以安徽省定远县藕塘为中心的津浦路西抗日根据地。第5支队开辟了以安徽省来安县半塔为中心的津浦路东抗日根据地。江北游击纵队在安徽省长江北岸开展游击战争，保持和皖南的联系。第1支队派出第6团向苏南东部发展，与当地的抗日武装合编为江南人民抗日义勇军(简称江抗)，直抵上海郊区。1939年9月，江抗西撤到长江中的扬中县与挺进纵队合编，并向苏北发展。10月，第2支队第4团一部北渡长江，在扬州以西改编为苏皖支队，打通了与第5支队的联系。11月，第1、第2支队领导机关合并组成江南指挥部，统一领导在苏南和向苏北发展的部队。这一时期，新四军还增加了两支部队。1938年9月30日，在河南省确山县竹沟镇组建的新四军游击支队东征，开辟了豫皖苏边区抗日根据地，1940年2月正式改称为新四军第6支队，辖3个团和4个总队。1939年1月，在竹沟组成的新四军豫鄂独立游击大队向武汉外围挺进，先后与豫南、鄂中、鄂东的抗日武装合编为新四军豫鄂独立游击支队、新四军豫鄂挺进纵队，开辟了豫鄂边区的抗日根据地，辖5个团队和3个游击总队 。 1940 年春，[[中共中央]]、[[中央军委]]作出八路军应派部队与新四军合力发展华中的部署。八路军第2纵队主力和苏鲁豫支队、陇海南进支队先后越陇海路南下，与新四军第6 支队合编为八路军第4、第5纵队。第4纵队执行向西防御任务。第5纵队执行向东发展任务。7月，新四军江南指挥部率主力北渡[[长江]]，改称苏北指挥部;10月在取得[[黄桥决战]]的胜利后，与南下支援的八路军第5纵队会师。11月17日，在江苏海安成立华中新四军八路军总指挥部(23日迁江苏盐城)，叶挺任总指挥，陈毅任副总指挥并代理总指挥，中共中央中原局书记[[胡服]]([[刘少奇]])任政治委员，统一指挥陇海路以南、长江以北的新四军和[[八路军]]部队。留在苏南的新四军第2支队领导机关，组建了新的江南指挥部 。