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1941年1月，国民党在第二次反共高潮中，制造了震惊中外的皖南事变，叶挺被扣， [[ 项英 ]] 遇害。 [[ 蒋介石 ]] 下令取消新四军番号。20日，中共 [[ 中央革命军事委员会 ]] 命令在江苏盐城重建新四军军部<ref>[http://www.yhcqw.com/53/12339.html [[ 皖南事变 ]] 后新四军军部重建始末]，炎黄春秋，乔阳</ref>，以陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长， [[ 赖传珠 ]] 为参谋长， [[ 邓子恢 ]] 为政治部主任。1月25日，新军部以华中总指挥部为基础宣告成立。随后成立了中共中央军委华中分会，又称新四军分会，刘少奇为书记，陈毅、张云逸、邓子恢、赖传珠为委员。新军部将长江南北的新四军和陇海铁路以南的八路军，统一整编为7个师1个独立旅。共9万人。

新军部包括 [[ 司令部 ]] 、 [[ 政治部 ]] 、 [[ 供给部 ]] 、 [[ 卫生部 ]] 、 [[ 军工部 ]] 、 [[ 财政经济部 ]] 。司令部设参谋处和作战、侦察、通信、机要、训练、管理科。参谋处处长先后是 [[ 陈锐霆 ]] 、 [[ 陈钟昆 ]] 。政治部设5个部处，秘书长 [[ 邓逸凡 ]] ，组织部部长 [[ 饶漱石]](后张凯)，宣传部部长 [[ 钱俊瑞 ]] ，锄奸部部长 [[ 汤光恢 ]] ，敌军工作部部长 [[ 刘贯一 ]] 。情报部部长 [[ 封裔应 ]] 。供给部部长 [[ 宋裕和 ]] ，副部长 [[ 叶进明 ]] 。卫生部部长 [[ 沈其震 ]] ，副部长 [[ 戴济民 ]] 、 [[ 崔义田 ]] 、 [[ 齐仲桓 ]] 。军工部部长 [[ 韩振纪 ]] ，副部长 [[ 吴师孟 ]] 、 [[ 孙象涵 ]] 、 [[ 喻篙岳 ]] 。财政经济部部长 [[ 朱毅 ]] ，副部长 [[ 朱人俊 ]] 、 [[ 骆耕漠 ]] 。财政经济部兼管地方的经济工作，包括银行和税务，1941年8月撤销。