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1941年2月，新四军第二师由原江北指挥部及所辖部队改编组成，辖第四、第五、第六旅和津浦路东、津浦路西两个联防司令部，共1.8万余人。师长由副军长张云逸兼任，政治委员[[郑位三]]，副师长[[罗炳辉]]，参谋长[[周骏鸣]]，政治部主任[[郭述申]]。原第四支队改编为第四旅，旅长[[梁从学]]，政治委员兼政治部主任[[王集成]]，参谋长[[詹化雨]]，辖第十、第十一、第十二团。原第五支队改编为第五旅，旅长成钧，政治委员[[赵启民]]，副旅长[[林英坚]]，参谋长[[黄序周]]，政治部主任[[侯政]]，辖第十三、第十四、第十五团。原江北游击纵队改编为第六旅，旅长兼政治委员[[谭希林]]，副旅长[[孙仲德]]，副政治委员[[黄岩]]，参谋长[[朱绍清]]，政治部主任[[徐祥亨]]，辖第十六、第十七、第十八团。

为统一指挥淮南抗日根据地的地方武装，1943年2月成立了淮南军区，辖津浦路东军分区和津浦路西军分区。淮南军区领导机关由第二师领导机关兼。此时第二师领导人均已变动：师长兼军区司令员罗炳辉，政治委员谭震林，参谋长[[韩振纪]]，政治部主任[[萧望东]]。