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2003年三峡水库蓄水前，国务院三峡工程验收组在大坝表面发现了80多条裂缝，此事经媒体披露后，引起社会上对三峡工程质量的纷纷议论。但据验收组副组长[[潘家铮]]解释，这些裂缝的确存在，但极为细微，最宽不超过0.2毫米，对大坝安全几乎没有影响，而且这些裂缝的产生均为技术问题，绝非质量问题，世界上其他一切水电站也都存在这种裂缝。 2005年1月， [[ 中国国家环境保护总局 ]] 公布了三十个未办理环保手续就违规开工的工程项目名单，其中包括 [[ 三峡电源电站 ]] 和 [[ 三峡地下电站 ]] 。三峡总公司一开始对此极力争辩，并不顾环保总局的停工命令，继续施工，双方形成顶牛之势。后来在国家发展和改革委员会的调解下， [[ 三峡总公司 ]] 被迫认错停工，缴纳罚款。直到2005年4月，在补办完所有手续后，方又重新开工。

2019年7月初，网上有传闻指三峡大坝发生变形并有可能溃坝，更附上两幅Google卫星图作比较，一幅显示大坝呈直线并无异样而另一幅则显示大坝有扭曲变形的情况。其后三峡集团澄清，指Google卫星图并非由卫星直接拍摄，而是基于一系列算法处理形成，因此在显示某些场景时会出现偏差，更表示大坝运行正常。出现扭曲状况图拍摄于2018年2月23日，而Google地球2018年9月拍摄的另一张图片显示大坝一切正常。[77][78]后来《新京报》称三峡工程的坝体变形处于弹性状态，并且在设计的允许范围内，三峡工程专家组组长 [[ 陈厚群 ]] 院士表示水坝体随着水季都有水平方向位移，三峡坝目前在正4.63mm至负0.24 mm之间来回弹性，不足一公分，所以水泥物体弹性变形只能在精准测量工具中显现；例如激光测量仪，无法达到肉眼明显可见的程度，若达此程度的结构物早已碎裂崩塌。