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1985年8月，公安部先后发出《关于改善和调整边防体制的通知》和《关于改进和加强消防部队领导管理的几项规定》的通知，分别将全国边防部队和消防部队从武警部队划出，归各级公安部门领导，但序列仍属武警部队。1987年，边防部队从武警各总队划出，归省公安厅直接领导；武警各总队消防处改编为消防总队，划归省公安厅直接领导；各支队消防科及县（市）消防中队整编为消防大队，隶属省消防总队和（地级）市公安局（地区行署公安处）双重领导。
1988年1月13日，《国务院、中央军委关于批准黑龙江、吉林、内蒙古武装森林警察列入武警部队序列实施方案的通知》（国发〔1988〕4号）发出，同意武装森林警察列入武警部队序列<ref>{{Cite web|url=http://www.gov.cn/xxgk/pub/govpublic/mrlm/201202/t20120224_64887.html|title=国务院、中央军委关于批准黑龙江、吉林、内蒙古武装森林警察列入武警部队序列实施方案的通知|date=1988-01-13|publisher=中国政府网}}</ref>。1988年2月4日，黑龙江、吉林、内蒙古的武装森林警察列入武警部队序列，在[[中华人民共和国林业部|林业部]]设立森林警察办公室<ref name=f22/> 。
1995年5月3日，国务院、中央军委以国发〔1995〕5号印发《关于调整中国人民武装警察部队领导管理体制的决定》，“武警部队属于国务院编制序列，由国务院、中央军委双重领导，实行统一领导管理与分级指挥相结合的体制。”“武警总部接受公安部的领导和指挥，总队及其以下武警部队接受同级公安部门的领导。”中央军委主要负责武警部队的组织编制、干部管理、指挥、训练、政治工作；国务院主要负责武警部队日常任务赋予、规模和编制定额、指挥、业务建设、经费物资保障。即中央军委通过中国人民解放军三总部（[[中国人民解放军总参谋部|总参谋部]]、[[中国人民解放军总政治部|总政治部]]、[[中国人民解放军总后勤部|总后勤部]]）实施对武警部队的统一领导、统一管理与国务院通过各级公安机关按规定权限对武警部队实施分级指挥相结合的“两统一分”体制。“处置突发事件和抢险救灾需要使用武警部队时，各省、自治区、直辖市党委和政府可按照规定权限调动使用本行政区域内的武警部队；需跨省、自治区、直辖市调动使用武警部队时，报党中央、国务院、中央军委批准。”
1995年12月17日，中央军委决定将武警部队总部由副大军区级升格为正大军区级。1995年至1999年先后将全国各省、自治区、直辖市总队升格为副军级。1999年，武警北京市第一总队和第二总队合并为武警北京市总队（正军级）。
1996年10月，中央军委先后将[[中国人民解放军陆军]]部队的14个乙种步兵师转隶武警部队序列，编为武警内卫部队机动师，执行机动作战任务，直属武警总部领导管理<ref name=f22/> 。
1998年7月23日，首届“中国武警十大忠诚卫士”颁奖大会在北京[[人民大会堂]]举行，自此争做党和人民忠诚卫士活动在武警部队兴起<ref name=gouchen/> 。
1999年2月5日，国务院、中央军委以国发〔1999〕6号印发《国务院、中央军委关于调整武警黄金、森林、水电、交通部队领导管理体制及有关问题的通知》，调整武警黄金、水电、交通、森林部队体制，实行武警总部和国家业务主管部门双重领导管理体制，武警总部对黄金、水电、交通、森林部队的军事、政治、后勤工作实施统一领导管理，国家黄金、水利电力、交通、林业主管部门分别负责其业务工作。中国人民武装警察部队司令部设立警种部<ref name=gouchen>{{Cite web|url=http://military.people.com.cn/n1/2017/0611/c1011-29331446.html|title=武警部队大事记（军史钩沉）|date=2017-06-11|publisher=人民网}}</ref> 。
2001年4月，[[中共中央组织部|中央组织部]]、[[中共中央政法委员会|中央政法委]]、[[中华人民共和国公安部|公安部]]党委联合下发《关于改进公安武警边防部队领导管理体制的通知》（政法〔2001〕11号），公安武警边防部队领导管理体制改为“双重领导，条块结合，以条为主”的原则，将过去的“分级管理，分级指挥”调整为公安部对公安武警边防部队的“统一领导管理”与地方党委政府通过各级公安部门按规定权限对武警边防部队的“分级指挥”相结合，以“条条”为主的集中统一领导的垂直体制<ref>{{Cite web|url=http://news.sohu.com/05/04/news144550405.shtml|title=公安武警边防部队改进领导管理体制|date=2001-04-06|publisher=搜狐}}</ref> 。
2009年8月27日，经[[第十一届全国人民代表大会常务委员会]]第十二次会议审议通过，《中华人民共和国人民武装警察法》颁布实施<ref name=gouchen/>。
2013年1月29日，[[中国共产党中央委员会总书记|中共中央总书记]]、[[中华人民共和国主席|国家主席]]、[[中央军委主席]][[习近平]]视察武警部队，强调努力建设一支听党指挥、能打胜仗、作风优良的现代化武装警察部队<ref name=gouchen/>。
[[中国共产党第十八届中央委员会第三次全体会议|中共十八届三中全会]]作出的《[[中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定]]》，要求“优化武装警察部队力量结构和指挥管理体制”；中共中央批准的[[深化国防和军队改革]]总体方案明确，按照“军是军、警是警、民是民”的原则，调整武警部队指挥管理体制，优化力量结构和部队编成。《中央军委关于深化国防和军队改革的意见》要求加强中央军委对武装力量的集中统一领导，并对贯彻中央决策部署作了具体安排<ref name=wangning>{{Cite web|url=http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1875340|title=武警部队调整部队部署和兵力调动使用制度：由中央军委作规定|date=2017-11-22|publisher=澎湃新闻}}</ref> 。
2017年10月31日，根据[[中国共产党中央委员会|中共中央]]的决策部署，为依法有序推进武警部队改革举措，为修改完善相关法律规定积累实践经验，[[第十二届全国人民代表大会常务委员会|第十二届全国人大常委会]]第三十次会议审议了《关于中国人民武装警察部队改革期间暂时调整适用相关法律规定的决定（草案）》，暂时调整适用《中华人民共和国国防法》和《中华人民共和国人民武装警察法》的相关规定。受[[中华人民共和国国务院|国务院]]、[[中央军事委员会|中央军委]]委托，武警部队司令员[[王宁 (上将)|王宁]]10月31日所作关于草案的说明称，为贯彻落实[[中国共产党第十八届中央委员会第三次全体会议|中共十八届三中全会]]全面深化改革的决定，按照中共中央批准的[[深化国防和军队改革]]总体方案及关于武警部队改革的决策部署，加强中共中央和中央军委对武警部队的集中统一领导，建设一支[[听党指挥、能打胜仗、作风优良]]的现代化武警部队，将对武警部队领导指挥体制和力量结构调整改革。王宁在关于草案的说明中表示，暂时调整适用的主要内容：一是调整领导指挥体制，二是调整职能任务，三是调整警衔制度，四是调整保障体制，五是调整部队部署和兵力调动使用制度。
2017年12月，中共中央印发《中共中央关于调整中国人民武装警察部队领导指挥体制的决定》，自2018年1月1日零时起，武警部队由中共中央、[[中央军事委员会|中央军委]]集中统一领导，实行中央军委－武警部队－部队领导指挥体制，归中央军委建制，不再列国务院序列<ref>{{Cite web|url=http://news.sina.com.cn/c/2017-12-27/doc-ifyqcsft7249256.shtml|title=武警部队归中央军委建制 不再列国务院序列|date=2017-12-27|publisher=新浪}}</ref> 。自此地方各级党委、政府及各级公安部门无权调动武警部队。武警部队不列入解放军序列。武警部队的根本职能属性没有变化，但增加了承担海上维权执法等任务<ref>{{Cite web|url=http://news.ynet.com/2017/12/28/809191t70.html|title=3天后，地方政府将无权调动武警力量|date=2017-12-28|publisher=北青网|access-date=2018-02-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20180223051632/http://news.ynet.com/2017/12/28/809191t70.html|archive-date=2018-02-23|dead-url=yes}}</ref> 。
2018年1月10日，中央军委向武警部队授旗仪式在北京[[八一大楼]]举行，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平向武警部队授旗并致训词<ref>{{Cite web|url=http://news.sina.com.cn/sf/news/fzrd/2018-01-11/doc-ifyqnick5307164.shtml|title=中央军委向武警部队授旗仪式在北京举行|date=2018-01-11|publisher=新浪}}</ref> 。中央军委决定授予武警部队“[[中国人民武装警察部队旗]]”。武警部队旗上半部保持[[中国人民解放军军旗|八一军旗]]样式，寓意武警部队诞生于人民军队的摇篮，表示武警部队是党领导的人民武装力量的组成部分。下半部镶嵌三个深橄榄绿条（與武警部隊制服同色），代表武警部队担负维护国家政治安全和社会稳定、海上维权执法、防卫作战三类主要任务及力量构成<ref name=":1">{{cite web|url=http://www.mod.gov.cn/topnews/2018-01/10/content_4802151.htm|title=国防部新闻发言人吴谦就武警部队旗寓意答问|date=2018-01-10|publisher=[[中华人民共和国国防部]]}}</ref> 。
2018年3月21日，中共中央印发了《[[深化党和国家机构改革]]方案》，其中提到“将列武警部队序列、国务院部门领导管理的现役力量全部退出武警<ref>{{Cite web|url=http://news.ifeng.com/a/20180321/56930893_0.shtml|title=机构改革：公安边防、消防、警卫部队全部退出现役|accessdate=2018-03-21|date=2018-03-21|publisher=凤凰网}}</ref> ，将国家海洋局领导管理的海警队伍转隶武警部队，将武警部队担负民事属性任务的黄金、森林、水电部队整体移交国家相关职能部门并改编为非现役专业队伍，同时撤收武警部队海关执勤兵力”。由此，曾经编入武警序列的[[公安现役部队]]（包括[[公安边防部队]]、[[公安消防部队]]、[[公安警卫部队]]等）和由武警领导管理的[[中国人民武装警察部队黄金部队|武警黄金部队]]、[[中国人民武装警察部队森林部队|武警森林部队]]、[[中国人民武装警察部队水电部队|武警水电部队]]等部队全部退出武警序列。[[中国人民武装警察部队交通部队|武警交通部队]]并入武警机动总队。
2018年6月22日，根据[[第十三届全国人民代表大会常务委员会]]第三次会议通过的《全国人民代表大会常务委员会关于中国海警局行使海上维权执法职权的决定》，海警队伍整体划归中国人民武装警察部队领导指挥，调整组建[[中国人民武装警察部队海警总队]]，称中国海警局，中国海警局统一履行海上维权执法职责。