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可是《永乐大典》殉葬说却被很多学者所采纳，他们从最喜爱《永乐大典》的[[明世宗]]的下葬时间和《永乐大典》录副的进度来比较，以及从《永乐大典》正本突然失踪的情况来判断，猜测《永乐大典》的正本极有可能是殉葬在明世宗的陵墓——[[永陵]]中去了。殉葬说并不意味着我们尚可以找到完整无损的《永乐大典》正本，可是这部资料价值极高而又历经磨难的类书的命运又一次牵动了人们的神经，而被广泛地关注和报道 。《永乐大典》的命运已经成为人们心中永远解不开的结，让每个中华儿女都为之绷紧了神经，这种心情就像一位母亲失去了自己的孩童一样，希望自己的孩子能重新回到自己的身边 。

1900年6月，《永乐大典》副本最后的劫难到了──当时[[八国联军]]进攻[[北京]]，与围攻英国使馆的义和团发生冲突。英国使馆毗邻翰林院，在冲突中成为战场。据[[英国]]人[[威尔]]的《庚子使馆被围记》记载，冲突中有人将火把抛进翰林院中，翰林院顿时着起大火，排积成行、一望无尽的藏书遭受空前浩劫。贮存《永乐大典》的敬一亭也被烧毁。“龙式池及井中，均书函狼籍，为人所抛弃。有绸面华丽之书，皆手订者；又有善书人所书之字，皆被人随意搬移。”《永乐大典》的大部分在这次浩劫中被焚，剩下的有的被修了工事，有的被垫了马槽。译学馆的[[刘可毅]]一人就在洋人的马槽下拣到数十册《永乐大典》。《永乐大典》副本被毁殆尽。 [[英国]]人从这次焚毁《永乐大典》的事件中得益最多。使馆有个叫翟里斯的官员从翰林院的废墟中拣来一些《永乐大典》，其中的卷13345还被当做战利品赠送给他的父亲。威尔记载，英国使馆中研究中国文学者见到如此宝贵之书，是平时绝对见不到的，都想拣选，“在火光中觅一路，抱之而奔”。从此，《永乐大典》流散到民间和国外，成为各藏书单位争相收藏的 物件。