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1989-90赛季揭幕前，公牛队请来了菲尔·杰克逊。在“禅师”杰克逊的指教下，公牛引进三角进攻。这个赛季，公牛55胜27负，创1971-72赛季以来队史最佳战绩。乔丹在和骑士的比赛中创造生涯最高得分69分。不过在1990年东部决赛中，公牛在七场鏖战中仍然输给了活塞。<br>

=== 第一个三连冠 ===

1990-91赛季，乔丹率领公牛一路高歌猛进，整个季后赛仅仅输了两场，乔丹率领公牛第一次夺得总冠军。这其中包括在东部决赛中横扫活塞报了一箭之仇，在总决赛主场先负一局的情况下直落四局击败湖人夺冠。乔丹场均得到31.4分、6.4个篮板、8.4次助攻，并捧起了他六个NBA总决赛最有价值球员奖杯中的第一个。 <br>

在1994-95赛季末期，乔丹说出了那句著名的“I'm Back”。重回NBA的乔丹在17场常规赛中，场均得到26.9分，公牛的对应战绩为13胜4负。季后赛，乔丹场均31.5分，不过公牛仍输给了拥有沙奎尔·奥尼尔的奥兰多魔术。<br>

1995-96赛季，乔丹场均得到30.4分，率领公牛取得了72胜10负的战绩。乔丹在这一个赛季囊括了常规赛、全明星赛和总决赛三项MVP，之外仅有威利斯-里德能完成这一壮举。 <br>

1996-97赛季，经过6场比赛，乔丹率领芝加哥公牛击败犹他爵士，连续第2个赛季、也是第5次夺得总冠军。乔丹个人连续第2次、职业生涯第9次夺走得分王称号，连续第2个赛季夺得总决赛MVP。 <br>