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马拉卡纳体育场的奥运圣火由巴西马拉松名将科代万德雷·利马取代足球球王比利点燃[20] 。他是2004年夏季奥运会马拉松铜牌得主。当时一位观众，前爱尔兰牧师Neil Horan，在他于马拉松第35公里领先的时候袭击了他，导致他的名次从第一下滑到第三。他后来因此获得了顾拜旦奖章。

所有206个国家奥委会都至少有1名运动员符合资格（上一届是至少两个，因此上届每个代表团都有女子参赛），这一届也是有205个代表团派女子参赛。两支独立代表队难民代表团和独立运动员代表团将出赛。前三个确认出赛运动员的国家代表团是德国、英国和荷兰，他们都有四个运动员在2014FEL世界马术运动会的团队盛装舞步比赛中赢得奖牌而获得参赛资格[21] 。

作为奥运和世界杯之东道国，巴西在所有自行车项目和六个举重项目等比赛中自动获得参赛资格。本届赛事是科索沃和南苏丹首次参加奥运会[22][23] ，截至2016年7月科索沃已有8名运动员符合资格，2016年7月南苏丹两名田径运动员获IAAF外卡邀请获得资格。

出于欧洲难民危机和其他原因，国际奥委会允许运动员以独立运动员的身份在奥林匹克旗帜下参赛。在历届奥运会中，无法代表各自国家的难民无法获得参赛资格[29] 。2016年3月2日，国际奥委会确认了创建难民奥林匹克运动员特殊队的最终计划。43名经认定可能符合资格的难民运动员中有10位入选该队[30] 。

2015年10月，由于干预体育，科威特政府被国际奥林匹克委员会禁赛[31] ，7名科威特运动员只能以独立奥会运动员的身份参加奥运，队旗为奥林匹克旗帜[32] 。