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1934年4月，教育部派员到各国立大学巡查，对山大在学校建设、学术研究、培养人才等方面取得的成就，给予肯定。为此，教育部向中国发出训令，使国立山东大学在中国范围内获得了很高的声誉。

进入1936年，山大学生的抗日救亡运动不断高涨，赵太侔校长受到来自教育部的指责越来越多，地方政府所划拨的办学经费越来越少。在政治和经济双重压力之下，赵太侔校长感到“力不从心”，于1936年8月辞去国立山东大学校长职务。结束了他在山大4年零5个月的第一个任职期。

抗战结束后，1946年2月国立山东大学被批准复校，赵太侔在时隔10年之后再次被任命为校长。停办长达8年之久的山东大学，教师走散，学生没有，教学设备仪器不知去向，校舍也先后被日军和美军占用。可谓千头万绪，百废待兴。赵太侔抓重点，一切围绕复校展开，解决燃眉之急的难点、难题。

首先是收回校舍，争取早日开学。日军占领青岛以后，山大校舍被日本人占用，抗战胜利后又被占领青岛的美国军队接收改为军营。收回校舍是复校中最紧迫、复杂、棘手的工作。赵太侔首先任命曾在美国学习和工作了8年之久、抗战前任山大教授的周锺歧为总务长，并命他先期赶到青岛，与美军谈判，办理收回校舍事宜。周总务长到达青岛之后，以主人翁的姿态积极争取主动权，并在青岛的《民言报》上发表“山东大学复校工作已筹备就绪，一俟美军让出校舍，即可开学上课”的消息。美军迫于各方面压力，先交出了一部分校舍。1946年8月，赵太侔抵达青岛，亲自与驻青岛美军司令柯可谈判，又陆陆续续收回一批校舍，勉强开学。直到1948年底美军从青岛全部撤走时，校舍才得以全部收回。