變更

尼奥和崔妮蒂再次连线进入“矩阵”成功救出墨菲斯，在墨菲斯和崔妮蒂回到真实 [[ 世界 ]] 后，尼奥却被拦截到他的史密斯击毙而呈现弥留状态。此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛 [[ 顿悟 ]] 一般地复活，复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写“矩阵”内程序的能力。尼奥入侵史密斯的程序码使他被覆写删除，史密斯因此爆炸而灰飞烟灭，其他的特工见状吓得落荒而逃，尼奥最后也平安返回现实世界。

最后的画面中，尼奥在“[[矩阵]]”内用电话亭向电脑机器通知他将要解放所有 [[ 人类 ]] ，之后的故事在黑客帝国2：重装上阵中继续发展。