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[[康熙]]37年，陳登昌逝世，享壽60歲，於隔年葬於臺灣縣大目降大山嶺內牛稠埔（今台南新化區羊林里羊仔寮），根據總督府公文類纂中，陳登昌後人土地糾紛之理由書，可知自[[康熙]]38年（1699年） ，長子陳定國出面向大穆降庄人陳光順以200兩馬劍銀所 購買 安葬始祖之父 的山埔地，當時七品知縣一年的基本俸祿只是45兩白銀， 陳登昌 墳 過世時，僅 墓 地即花費200兩，是一筆龐大的費用，由此觀察 ， 當時的陳姓家族已是府城富豪大戶<ref name="古都">《直轄市定古蹟陳世興宅調查研究與修復再利用計畫》，古都文教基金會，頁2-34。</ref>。  該穴地為真武踏龜之風水寶地，後來世人以穴為山名之，前經清政府奏准欽賜墓道一支，又於墓前開築池一口， 以養山龍之脈<ref>[https://udn.com/news/story/7326/4411550 百年陳情書 曝清富商墓園是真武踏龜穴]，聯合晚報，2020-03-13。</ref>。而陳登昌死後近半年才真正下葬，即是因為其子嗣聘請堪輿師尋覓營葬吉地，停棺在堂，經踏勘各山嶺後，才在真武踏歸吉穴安葬<ref>《直轄市定古蹟陳世興宅調查研究與修復再利用計畫》，古都文教基金會，頁2-32。</ref>。 陳登昌之孫陳奇典於清乾隆初年（1735-）捐任山西汾州分府，誥授奉政大夫，追封祖父陳登昌誥贈奉政大夫，祖母柯氏誥贈宜人，並於清乾隆10年（1745）舉行豎旗祭祖，修築祖墳，並在郡城大北門外為其祖父陳登昌立墓道碑，該墓道碑原本豎立於開元寺南邊，往永康、新化方向的道路旁，戰後移立赤嵌樓碑林<ref name="古都"/>。