10月15日，台灣鎮的台灣總兵[[昌伊蘇]]率軍隊前往圍剿，洪協兵敗被捕殺。
這事件比較特殊的是，洪協民變起事同時，地方仕紳[[郭洸侯]]於也於台灣[[ 台南]] 發起數千人規模的地方抗糧（抗稅）非武力起事。雖洪協曾邀其共同會合起事，不過遭郭拒絕。不料事後台灣知縣與總兵[[昌伊蘇]]等未詳究，就向清廷偽報郭洸侯參與叛逆。導致郭洸侯遭緝。
事後，郭洸侯逃至中國北京，並委由御史陳慶鏞上奏其實情，清宣宗命軍機大臣查明後，發現真是昌伊蘇等人辦事草率，遂將昌伊蘇降三級留任，又不准其用軍功、紀錄等抵銷。