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北京交通大学作为交通大学的三个源头之一，[[历史]]渊源可追溯到1896年，前身是清政府创办的北京铁路管理传习所，是中国第一所专门培养管理人才的高等学校，是中国近代铁路管理、电信教育的发祥地。1921年，其与上海、唐山两所工业专门学校合并，定名“交通大学”，下设京、沪、唐三校，学校被称为“交通大学北京学校”。1923年交通大学改组后，北京分校更名为北京交通大学。1949年以后，经中央人民政府政务院定名为“ [[ 中国交通大学 ]] ”，次年改为“北方交通大学”，茅以升院士为校长。1981年北方交通大学被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位，相继被批准可自行审定副教授、教授及博士生导师任职资格。1994年7月北方交通大学通过铁道部预审，成为首批进入“211工程”建设的高校之一<ref>[https://www.taodocs.com/p-217878145.html 《全国首批211工程重点大学》.doc]，淘豆网</ref>。 2000年4月原北京电力高等专科学校并入，学校由[[铁道部]]划归教育部管理。2003年9月，恢复使用“北京交通大学”校名。

学校现有28个研究所和研究中心及包括1个国家重点实验室（轨道交通安全与控制国家重点实验室）、2个国家工程实验室（下一代互联网核心设备国家工程实验室、高速铁路系统试验国家工程实验室）、1个国家工程研究中心（轨道交通运行控制系统国家工程研究中心）、3个国家认可实验室（电磁兼容国家认可实验室、结构强度检测国家认可实验室、[[高速铁路]]网络管理国家认可实验室）等一批中国一流实验室，已建成5个教育部重点实验室（全光网络与现代通信网教育部重点实验室、发光与光信息技术教育部重点实验室、[[城市交通]]复杂系统理论与技术教育部重点实验室、载运工具先进制造与测控技术教育部重点实验室、城市地下工程教育部重点实验室），4个教育部工程研究中心（隧道与地下工程教育部工程研究中心、电力牵引教育部工程研究中心、高速铁路网络管理教育部工程研究中心、轨道车辆结构可靠性与运用检测技术教育部工程研究中心），5个北京市重点实验室（新能源汽车动力总成技术北京市重点实验室、轨道工程北京市重点实验室、城市轨道交通北京实验室、交通数据分析与挖掘北京市重点实验室、结构风工程与 [[ 城市风 ]] 环境北京市重点实验室），5个铁道部重点实验室。另有中国现代轨道交通科学与技术研究院、中国产业安全研究中心、中国兼并重组研究中心、 [[ 中国企业 ]] 竞争力研究中心和中国交通运输价格研究中心。