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后来，阿联酋和伊朗之间发生领土纠纷，阿联酋方面希望得到中华人民共和国的支持；同时，[[中华民国]]总统[[李登辉]]访问阿联酋，中华人民共和国与阿联酋间的外交关系掉进谷底，但中国没有召回大使。1997年，国务院副总理[[吴邦国]]到访阿联酋，阿联酋向中方保证同类事件不会再发生，两国关系好转。
2005年9月30日，中华民国总统陈水扁在[[中美洲]]行程结束后到[[阿布扎比]]进行过境访问，在当地受到元首级接待；中华人民共和国方面对 [[ 陈水扁 ]] 此举表示强烈不满，又指阿联酋允许陈水扁过境的做法会对两国关系带来负面影响。翌年5月，陈水扁专机也在阿布扎比短暂停留。
2017年12月19日，中国和阿拉伯联合酋长国19日以互换照会方式再次修订《中阿关于互免持外交护照人员签证的谅解备忘录》，将两国持普通[[护照]]人员纳入免签范围。阿联酋由此成为第11个与中国互免普通护照签证的国家。