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《竹书纪年》对史学界的震撼，在于它所纪录的[[史料]]与《[[史记]]》所描述的不单只内容不同，而且价值观与[[意识型态]]大为迥异 <ref>[https://www.sohu.com/a/287932891_789939 中国五大堪称奇迹的考古发现,改变了人们对历史的认识! ]，搜狐，2019-01-10</ref> 。竹书纪年描述了从五帝到战国时期历代所发生的血腥兵变和军事冲突，譬如，《史记》记载尧舜禹之间透过禅让来传位，而《竹书纪年》却认为[[舜]]和[[禹]]都是透过政变夺取王位。《史记》记载商朝太甲被伊尹囚禁3年后，伊尹见太甲改过自新，便郑重迎接他复辟，将国家交给他。太甲复位后，沉痛接受教训，成为了一个勤政爱民、励精图治的圣君。不过，《竹书纪年》对此却有不同的描述：伊尹放逐太甲后，自立为王，7年后，太甲潜回国中，杀掉篡位的伊尹，并改立伊尹的儿子伊陟和伊奋继承伊家。杜预说“此为大与《[[尚书]]》叙说大甲事乖异，不知老叟之伏生，或致昏忘，将此古书亦当时杂记，未足以取审也。”但出土的[[甲骨文]]显示，直至[[商朝]]末年，商朝仍然坚持对伊尹的祭祀有人因此对《竹书纪年》的历史记载存疑。

由于《史记》采用纪传体来记述事件，竹书纪年的出现，可以从另一角度审视史记内容，如“昔尧德衰，为舜所囚也”、“夏启杀伯益”、“太甲杀伊尹”、“文丁杀季历”、“共伯和干王位”、“晋文侯杀周携王”，与史书有极大差异。竹书纪年认为商朝的中宗是[[祖乙]]，而《史记》则认为商朝的中宗是[[太戊]]，在这个问题上，商代甲骨文资料则证明了《竹书纪年》的正确性 <ref>[http://www.kanjianlishi.com/dangan/327292.html 史记记录的是真实的历史么？也许《竹书纪年》才是]，看见历史，2017-09-13</ref> 。又如《竹书纪年》记载：“懿王元年，天再旦于郑，……”，可能是指前899年4月21日，郑（今[[陕西]]凤翔或华县）地区清晨时发生的日全蚀，可据此推定周懿王元年的真实年份（也有学者对这个说法存疑）。王国维在《今本竹书纪年疏证》中指出今本纪年中的周幽王六年（前776年）日食出自《诗经·小雅》“十月”和《新唐书·历志》“大衍历议日食”，本是周代的无年代[[日食]]纪录和唐代以前的计算结果。