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2006年5月，被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。2010年投资200余万元的通古斯巴西古城围栏保护工程完成。2012年，通古斯巴西古址的文物保护规划通过新疆文物古迹保护中心的论证。2014年，对该古址进行了航拍勘探。2015年对此处遗址进行考察后，大量学术研究得以进行，因耕地的扩张、农耕浇灌使得地下水位上涨和多年的雨水，使得古址面对着不同种类的病害侵袭。其中来源包括盐害、红柳、表面风蚀、雨蚀、基础掏蚀凹进、裂隙、坍塌、生物破坏及人为破坏。后通过对实验了解了其土体特性并进行了加固实验。2016年，国家文物局投资450多万元开始对通古斯巴西古城进行抢险加固。2019年5月，自治区文旅厅组织中国文化遗产研究院、中国地质大学、兰州大学对该项目进行了验收。