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1938年3月15日，奥地利正式并入纳粹德国版图 <ref>[https://www.sohu.com/a/320864402_120073393 1938年德奥合并闹剧，奥地利在不知不觉中被纳粹窃取了国家主权 ]，搜狐，2019-06-16 </ref> ，赛斯-英夸特成为德国东部边疆区总督，并被授予党卫军将军头衔。在他担任德国东部边疆区总督期间，多次与保安警察和党卫军保安勤务处合作，镇压奥地利反纳粹人士，没收[[犹太人]]的财产并将其驱逐至东方。1939年5月1日，赛斯-英夸特出任德国不管部部长。

在第二次世界大战结束后的[[纽伦堡]]审判中，赛斯-英夸特作为甲级战犯被指控犯有反和平密谋罪、侵略计划与实行罪、战争罪及反人道罪 <ref>[http://www.docin.com/p-1360696962.html 2016年最新公平绝不意味着软弱——评纽伦堡审判]，豆丁网 </ref> 。经审理，纽伦堡[[国际军事法庭]]认定他除反和平密谋罪外，其他三项罪名全部成立，判处绞刑。当赛斯-英夸特听到判决结果后说道：“绞刑…嗯，综观全情，我不期待会有什么不同，无所谓”。