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他的祖父黄南廷买田置地,是宝马场的大财主。父亲黄恭孟曾留学日本,作过定远县知县,民国时任过四川省高等法院院长,是妻妾成行的官僚大地主。母亲则没有什么文化。黄鹏基自幼读家塾，由于天资聪明，数年间读了不少古文、诗词和历史书籍。民国初年随父迁成都同仁下街,入成都中城小学读书,后考入成都省联中(即今石室中学)。在读中学时受到“五四”反帝反封建的影响，对于北京和北京大学产生了向往之情。