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1862年（清同治元年），林春祈與林文翰、邱石莊、簡榮卿、洪玉崑和南投大家族的頭人聚於倚南軒，為當時有擴大之勢的[[戴潮春事件]]做準備。次年4月28日，林春祈和多名彰化、北投堡、[[南投堡]]的舉人、生員參與[[陳肇興]]所組的六堡同盟，發動鄉勇響應官兵，共同對抗戴潮春勢力。其中多人初交戰即遭陳永明、陳輝、黃丁目、蕭金泉等戴黨軍隊擊敗；而林春祈則是因為遭內賊連同戴黨截斷水道，使農作歉收，導致家中財產盡空，全部用於軍火，但仍勉強守住鄉里。6月16日，陳捷三與戴黨楊目丁在[[濁水溪]]一帶大戰，獲得陳貞元、陳上治合兵支援，生擒了楊目丁後斬首摘心；自此中部反戴聯軍開始反攻，林春祈也從北投埔引兵助攻<ref name="張家綸"> {{cite journal |author1= 張家綸 |title=草屯社會發展與地方菁英(1751-1945) |journal=國立台灣師範大學歷史研究所碩士論文 |date=2008-06). [|pages=67-68 |url=https://www.ntl.edu.tw/public/ntl/4216/%E5%BC%B5%E5%AE%B6%E7%B6%B8%E5%85%A8%E6%96%87.pdf |accessdate=2018-08-11}}</ref><ref name=" 草屯社會發展與地方菁英(1751-1945)戴案紀略"] (PDF)>{{cite book |author1=蔡青筠 |title=戴案紀略 |url=https://ctext. 國立台灣師範大學歷史研究所碩士論文: 67–68org/wiki. [引用日期 pl?if=gb&chapter=928828 |accessdate=2018-08-11].}}</ref>。

1864年11月，官軍[[丁曰健]]攻打在[[北勢湳]]的[[洪欉]]，北勢湳由於道路曲折、易守難攻，官軍攻勢受阻，李光輝、林春甚至中伏身亡。林春祈為鄭榮擔任嚮導，挖地道深入洪欉宅底，以火藥炸坍了房屋，使洪軍軍心動搖。後來洪欉暴斃、其弟洪番遭其妾劉氏綁縛後交給丁曰健，洪軍遂平<refname="戴案紀略" />。林春祈因此受封「誥授奉政大夫藍翎知州」<ref name="張家綸" />。