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医院院本部设有53个专业学科，医院拥有1个国家级重点学科，1个国家重点专科在建项目，1个国家科技部示范型国际科技合作基地，是国家药物临床试验机构，下设16个专业 ，全军重点学科、基地10个：全军临床检验医学研究所、全军器官移植研究所、全军儿科疾病诊治中心、全军妇产科中心、全军微创神经外科中心、全军计划生育优生优育研究所、全军临床药理基地、全军医院信息化研究与技术支持基地、全军卫生音像制作基地、全军器官移植临床护理示范基地，南京军区重点学科13个：南京军区肝胆外科研究所、南京军区普通外科研究所、南京军区骨科研究所、南京军区肿瘤中心、南京军区药学中心、南京军区肾脏病中心、南京军区病理中心、南京军区呼吸病中心、南京军区中医中心、南京军区消化内科中心、南京军区医学影像中心、南京军区糖尿病诊疗中心，95临床部南京军区烧伤医学中心，福建省创新平台2个：福建省干细胞应用工程技术研究中心、福建省盆底医学工程技术研究中心，拥有重点实验室2个：福建省移植生物学重点实验室、中国人民解放军组织修复与器官重建重点实验室，是国家教育部本科教学工程校外实习基地、福建省住院医师规范化培训基地、福建省外科学研究生教育创新基地。