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针对日趋恶化的水环境，开展水环境保护和水生生物资源可持续利用研究，为维护和改善水环境、保护淡水资源、发展淡水渔业提供理论依据和技术支撑。同时结合科学发展目标，瞄准国家需求，解决国家问题。坚持基础性、前瞻性、战略性原则，全面增强实验室的科技创新跨越能力，按照国家重点实验室建设与管理办法，实行"开放、流动、联合、竞争"的运行机制，建设成为高效运行的、开放的、具有国际水平的和持续发展的国家级淡水生态和生物技术知识创新中心和研发中心。同时通过人员的不断更新，进一步凝聚科技精英，形成代表国家最高水平的、在国际上有重要地位的科学家群体，成为淡水生态和生物技术领域高级科技创新人才培养基地和自主创新平台。