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负责全国海洋生态环境监管工作。拟订和组织实施全国及重点海域海洋生态环境[[政策]]、规划、区划、[[法律]]、行政法规、部门规章、[[标准]]及规范。负责海洋生态环境调查评价。组织开展海洋生态保护与修复监管，监督协调重点海域综合治理工作。监督陆源污染物排海，监督指导入海排污口设置，承担海上排污许可及重点海域排污总量控制工作。负责防治[[海岸]]和海洋工程建设项目、海洋油气勘探开发和废弃物海洋倾倒对海洋污染损害的生态环境保护工作。按权限审批海岸和海洋工程建设项目环境影响评价文件。组织划定倾倒区。监督协调国家深海大洋、极地生态环境保护工作 <ref>[https://www.sohu.com/a/421820115_639677?sec=wd 抖音直播北极科考，科学家在线科普极地生态保护]，搜狐，2020-09-30</ref> 。负责有关[[国际公约]]国内履约工作。承担湾长制相关工作。

2.海洋生态保护与环境质量管理处（简称生态质量处）。承担海洋生态环境质量标准拟订、目标考核，承担海洋生态环境调查评价、[[海洋生态]]保护 <ref>[https://www.sohu.com/a/223658291_772460 “史上最严”海洋生态环境保护规划来了！打好海洋污染治理攻坚战]，搜狐，2018-02-23 </ref> 和海洋垃圾（微塑料）、持久性有机污染物等[[污染]]防治以及深海大洋、极地生态环境保护监督协调等工作。