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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2005年，[[台聯]]徵召[[錢林慧君]]參選[[台南市長]]， 錢 以「人生最後一場選戰」做號召，[[民進黨]]提名[[許添財]]，泛綠分裂的情況下得票12.95%落選。之後，在[[台聯]]第三任主席[[黃昆輝]]的邀請下，[[錢橙山]]出任 [[ 台聯 ]] 秘書長，接替參選[[高雄市]]長失利的[[台聯]]立法委員[[羅志明]]；[[錢林慧君]]也隨[[錢橙山]]北上。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年立法委員選舉，[[錢林慧君]]接受[[台聯]]徵召提名參選不分區立委，為[[台聯]]不分區立委參選人第五名。2008年1月4日下午，[[錢林慧君]]到[[ 台南地檢署]] 遞狀控告當時公開呼籲選民「拒絕投票給[[台聯]]」的[[民主進步黨]]前主席[[游錫堃]]、[[台灣南社]]社長[[鄭正煜]]、[[台灣北社]]社長 [[ 張學逸 ]] 、[[台灣北社]]副社長[[金恆煒]]、[[台灣中社]]社長[[戴正德]]、[[台灣社]]副社長[[余文儀]]、台灣社秘書長[[羅致政]]、[[台灣客社]]社長 [[ 張葉森 ]] 等八人「意圖使人不當選」，並高喊「要死大家一起死」，將發動支持者不要投票給[[民進黨]]區域立法委員候選人。2008年1月12日，開票結果，[[錢林慧君]]落選。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年2月28日，2008年總統選舉候選人[[馬英九]]親訪[[錢橙山]]與[[錢林慧君]]，之後[[錢林慧君]]與[[錢橙山]]公開支持[[馬英九]]。 或許是 疑 因 為[[錢林慧君]]與[[錢橙山]]的支持，馬在台南市的得票小贏6,219票。但[[錢林慧君]]因此舉違背[[台聯]]決議，於2008年4月23日遭[[台聯]]註銷黨籍。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年6月13日，總統 [[ 馬英九 ]] 提名 [[ 錢林慧君 ]] 為[[ 監察委員]] ，以同意61張、不同意40張、無效票10張通過。2008年6月23日，[[ 泛綠]] 揚言在審查監察委員被提名人時封殺 [[ 錢林慧君 ]] ， [[ 錢林慧君 ]] 說：「我是最不投機的人。 我之 所以 我 離開一個黨 的時候 ， 我 都是因為『黨在變』我才離開。 並說 格調是怎麼算的？我不太了解。還是他們自己放話的人 有格調？我想我不太了解。」</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年7月2日，[[錢林慧君]]在[[ 立法院會議]] 表示，她過去是泛綠中的深綠、也希望[[台灣]]獨立建國；但她後來發現「統獨根本就是假議題」、「[[台灣]]已經是主權獨立國家」、「[[民主進步黨]]也做不到正名制憲」，加上她對「政治惡鬥」、「藍綠對決」及「分裂族群」深惡痛絕，才認為國家需要政黨輪替、共同拚經濟；民主進步黨立法委員[[李俊毅]]、[[管碧玲]]說她「政治變色龍」、「藍綠通吃」，是對她人格最大侮辱；她到[[監察院]]，是想利用監察委員的調查權及糾彈權，糾正過去[[行政院]]一些不依[[立法院]]通過決議及預算執行的違法事實。同日，[[錢林慧君]]答覆[[民主進步黨]]立法委員[[蔡煌瑯]]質詢時答覆，[[民進黨]]前主席[[謝長廷]]認為很好，她也一直沒變，她當初曾告訴[[馬英九]]「自己仍主張台灣是主權獨立國家」，她在統獨議題上未與[[馬英九]]有一致理念。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年8月1日，[[錢林慧君]]就任為第4屆監察委員（2008.08.01~2014.07.31）。2008年8月5日，[[錢林慧君]]申請調查[[臺南縣 ]][[ 麻豆鎮 ]] 總爺國民小學]] 廢校案。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2012年8月，[[錢林慧君]]說，2001年到2004年的「漁港建設計畫」與後來的「漁業多元化經營建設計畫」，「11座漁港共爭取到（[[ 新台幣]] ）10.5億元的經費，但是後來大多荒廢、變成『蚊子漁 港 』。這些都是人民的血汗錢，卻被這樣給糟蹋掉了。」</p>