=== 角逐第七屆立法委員選舉 ===
立法委員選舉自第七屆起，改為[[單一選區兩票制]]，單一選區僅選出一位立委名額。2005年獲得全市最高票市議員的王，在2007年積極參與第七屆立法委員初選，挑戰同黨前輩，時任立委的[[賴清德]]。由於賴清德有意參選2009年的臺南市長，卻又無意將下屆立委的名額讓與同黨有意角逐者，王對此頗不以為然，遂與賴進行黨內初選，並積極參與主持全國性的政論節目[[大話新聞]]增加曝光率。賴清德控訴王在選舉中抹黑，王反批賴所屬的新潮流欺壓同黨同志，初選的結果王以極微小差距敗於賴清德。<ref>參考 中國時報民國96年6月2日第a04版焦點新聞，綠委初選 新系南流 賴清德勝出</ref><ref>參考 自由時報民國96年6月2日第a03版焦點新聞，立委初選 賴清德勝王定宇</ref>。
===張銘清訪臺爭議與衝突===
{{main|張銘清訪臺爭議與衝突}}
2008年10月19日，中國[[海協會]]副會長[[張銘清]]以廈門大學教授身分扺臺進行學術交流，由於張銘清於參訪台南時宣稱『沒有台獨就不會有戰爭』<ref>簡余晏部落格：[http://www.yuyen.tw/2008/10/blog-post_21.html 抗議張銘清長年對台灣人言詞暴力！他說：嘿嘿！戰爭？看有沒有台獨！]</ref>，王定宇因此透過電台節目，號召群眾在臺南縣市各景點集結包圍張銘清，表達強烈抗議<ref>{{cite news |url=http://tw.news.yahoo.com/article/url/d/a/081020/17/17y5l.html |title=張銘清來台第一晚很安穩 雖有抗議民眾但未受影響 }}{{dead link|date=2018年1月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>。19日聚眾包圍擔仔麵餐廳，迫使張更改行程。20日在臺南藝術大學週圍抗議，要求張就[[三鹿奶粉污染事件]]向臺灣社會致歉和承认台湾不是中国一部分，否则“在南台灣的這3天天天都有被K的可能”<ref>{{cite news |url=http://www.liarking.com/n/%E5%BC%B5%E9%8A%98%E6%B8%85%E4%BE%86%E5%8F%B0%E7%AC%AC%E4%B8%80%E6%99%9A%E5%BE%88%E5%AE%89%E7%A9%A9-%E9%9B%96%E6%9C%89%E6%8A%97%E8%AD%B0%E6%B0%91%E7%9C%BE%E4%BD%86%E6%9C%AA%E5%8F%97%E5%BD%B1%E9%9F%BF%E3%80%9020081020%E3%80%91 |title=張銘清來台第一晚很安穩 雖有抗議民眾但未受影響 }}{{dead link|date=2018年3月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>。21日在臺南孔廟找到進行不公開行程的張銘清，王定宇指揮群眾往孔廟集結，結果場面失控，造成張銘清被推倒，腰部挫傷<ref>{{cite news|url=http://n.yam.com/focus/politics/18517/ |publisher=yam新聞|title=張銘清遭綠營人士追打 被推倒地影音特輯}}</ref><ref>{{cite news|publisher=香港文匯報|url=http://news.wenweipo.com/2008/10/21/IN0810210051.htm |title=謊話連篇！王定宇：張銘清自己跌倒的}}</ref><ref>{{cite news |url=http://1-apple.com.tw/index.cfm?Fuseaction=Article&Sec_ID=1&ShowDate=20081022&IssueID=20081022&art_id=31071437&NewsType=1&SubSec=66 |title=丟臉 粗暴襲擊張銘清 各界譴責 損害台灣形象 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20081025070719/http://1-apple.com.tw/index.cfm?Fuseaction=Article&Sec_ID=1&ShowDate=20081022&IssueID=20081022&art_id=31071437&NewsType=1&SubSec=66 |archivedate=2008-10-25 }}</ref>。隔日王定宇召開記者會，揚言海協會會長陳雲林訪臺時將再次發動群眾抗議，並強調抗議的訴求是為了臺灣的下一代<ref>{{cite news|publisher=聯合新聞網|url=http://udn.com/NEWS/NATIONAL/NATS9/4568633.shtml |title=王定宇：打倒敵人 是為台灣孩子}}</ref>，而張銘清則取消後續行程，在紛爭中提前離開臺灣<ref>{{cite news|publisher=蘋果日報|url=http://1-apple.com.tw/latest_news/index.cfm?Fuseaction=RnewsArticle&RArtID=29586&ShowDate=20081022 |title=張銘清搭機離台 機場再度遭嗆！}}</ref>。
10月28日，台南市警二分局依妨害秩序、強制、傷害罪移送王定宇、林進勳等7人。
10月30日，檢察官以王定宇涉嫌聚眾對張銘清脅迫且為首謀，求處有期徒刑一年二個月。檢察官蘇聰榮在起訴書中表示，王定宇等人表達對主權認知訴求，為言論自由範疇，但表達過程中竟有動手傷害並妨害他人行動自由等強暴脅迫行為，且對象是大陸海協會副會長，已造成一般社會大眾不安，影響所及，將來大陸地區人民來台，也會擔心安危<ref>{{cite web|url=http://udn.com/NEWS/SOCIETY/SOC8/4580373.shtml|title=聯合報：「搶在陳江會前 王定宇被起訴」2008.10.30|publisher=}}</ref>。
檢方搶在陳江會前，2天內偵結起訴王定宇，被外界質疑與陳雲林即將來台有關<ref>2008.10.30. 中央社 記者張榮祥台南市電</ref>。10月30日，南檢傍晚發表聲明表示，因為案情明朗單純、犯行明確，且又是社會矚目案子，既然檢方已掌握具體涉案事證，沒必要拖延結案時間，承辦檢察官辦案沒有任何立場，也未受到任何政治壓力。 <ref>{{cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/focus/paper/254830|title=8天偵結 檢：王犯行明確}}</ref>
2009年9月21日 ，台南地方法院一審宣判王定宇傷害罪有期徒刑4個月，可易科罰金。王定宇不服判決、提出上訴。 2010年5月，高等法院台南分院駁回上訴，全案判決定讞。2010年6月22日，王定宇至台南地檢署繳交罰金12.2萬元。<ref>{{cite news | url=http://news.chinatimes.com/2007Cti/2007Cti-News/2007Cti-News-Content/0,4521,50301347+132009092101138,00,focus.html | work=[[中時電子報]] | title=推張銘清 王定宇一審傷害罪判4月 | date=2009-09-21 | deadurl=yes | archiveurl=https://web.archive.org/web/20090924234326/http://news.chinatimes.com/2007Cti/2007Cti-News/2007Cti-News-Content/0,4521,50301347+132009092101138,00,focus.html | archivedate=2009-09-24 }}</ref><ref>{{cite news|url=http://dailynews.sina.com/bg/tw/twpolitics/chinapress/20100623/02521576299.html|title=推倒張銘清 王定宇罸12.2萬元免坐牢}}</ref>
=== 張銘清事件後疑似遭恐嚇 ===