到了後期，[[堅尼地道]]只剩下中學部和小學部的校舍，其餘的建築物則用作嘉諾撒修院和[[明愛達言學校|明愛達言學校（前嘉諾撒達言學校）]]的校舍。由於校舍曾多次受山泥傾瀉損毁以及需要配合小學部推行全日制課程，在2000年代初開始計劃重建及擴建校舍。在2007年，明愛達言學校的校舍改建成小學部的新校舍，位於中學部下面的[[聖佛蘭士街]]，整個小學部改建及擴建工程在2010年完成。中學部的校舍從2011年開始重建，在2018年全面落成啓用。中學部和小學部的校舍覆蓋聖佛蘭士街以上及堅尼地道以下的山坡，共佔地約9,517平方米。
<ref>[http://www.legco.gov.hk/yr10-11/chinese/fc/pwsc/papers/p10-17c.pdf 教育資助金 90EB－灣仔堅尼地道嘉諾撒聖方濟各書院重建計劃] {{Wayback|url=http://www.legco.gov.hk/yr10-11/chinese/fc/pwsc/papers/p10-17c.pdf |date=20200429125214 }} [[香港立法會]]</ref>
<ref>[http://www.legco.gov.hk/yr06-07/chinese/fc/pwsc/papers/p06-68c.pdf 教育資助金 28EA－在灣仔聖佛蘭士街重置嘉諾撒聖方濟各學校] {{Wayback|url=http://www.legco.gov.hk/yr06-07/chinese/fc/pwsc/papers/p06-68c.pdf |date=20200919104010 }} [[香港立法會]]</ref>
==辦學宗旨==