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他回到金坛∶「绝情哭母，推田赠兄，卸衣於火，投笈於江。」乃投入 [[ 镇江 ]] 金山的 [[ 观音阁 ]] ，依西来老和尚落发出家。西来老和尚为他剃度之日，庆得种子，传法有人，喜极而泣。 [[ 光绪 ]] 三十一年(一九○五年)，仁山到南京宝华山受具足戒，得戒和尚浩月，开堂和尚若舜，都对他十分赏识，频加奖诲。圆戒之后，回到金山，穷究经典。清末自戊戌年百日维新之后，光绪末年(一九○八年)，社会上有「庙产兴学」之说，给佛教带来莫大的威胁。全国各地，时有强占寺庙，改办学堂的事件发生。寺庙为了自保，莫如自己先在寺院中兴办学堂，则可阻止地方人士的侵占。是时清廷也有朝旨，要各省县成立僧教育会，以寺产兴办佛教学堂，培育僧材。当时首先开办僧学堂的，是扬州天宁寺的文希和尚。

[[扬州]]有二十四处丛林寺院，以天宁寺为首刹，天宁寺原为东晋时代的谢公祠，佛陀跋陀罗曾在此处译六十 [[ 《华严经》 ]] ，为历史名刹。[[光绪]]三十二年(一九○六年)，文希和尚开风气之先，在天宁寺开办僧侣学堂，全名是「扬州天宁寺僧普通学堂」，事先与诸山协议，经费由扬州各寺院分担。那时风气未开，仅招收到了二十多名学僧，日常课程除佛学外，并授以英文、日文。由金山观音阁去的仁山和泰县宏开寺去的智光，是两位最优秀的学生。

在 [[ 扬州 ]] 诸山长老中，文希是思想颇为开明的出家人。他开办学堂后，闻 [[ 日本 ]] 佛教教育很进步，想到 [[ 日本 ]] 考察一番，但当时多数寺院的住持，都是十分保守的人，根本无意办学堂，勉强承担一部分办学经费，目的是在保护寺产，认真办学不是他们的本意。并且以保守派的眼光，看日本那种娶妻吃肉的俗化佛教，有如洪水猛兽，是不值得借镜的。所以当文希东渡之日，途经镇江，有人向官厅检举，说他到 [[ 日本 ]] 的目的是勾结革命党。官厅听说革命党，「谈虎色变」，不问青红皂白，就将文希加以拘捕，关入牢中。文希被收押，天宁寺的僧学堂自然停办。学生星散， [[ 仁山 ]] 、 [[ 智光 ]] 等也各回寺院。

过了一年多，到光绪三十四年(一九○八年)，是年秋季， [[ 杨仁山 ]] 居士在 [[ 南京 ]] 创办只洹精舍，对外招生。求知若渴的仁山得知，当然不错过这个机会，就赶到 [[ 南京 ]] 入学。同时入学的，除了 [[ 扬州 ]] 僧普通学堂的同学 [[ 智光 ]] 外，还有 [[ 栖云 ]] 、 [[ 了悟 ]] 、 [[ 善亮 ]] 等学僧。开学未久，时年二十一岁的 [[ 太虚 ]] 也中途入学。学堂中，由 [[ 杨仁山 ]] 老居士讲 [[ 《楞严经》 ]] ， [[ 苏曼殊 ]] 授英文， [[ 谛闲法师 ]] 担任学监。本来是难得的求学机会，无奈这个学堂寿命也不长久，到了宣统元年的下半年，只洹精舍因经费困难，在无力为继的情形下也停办了。 [[ 仁山 ]] 、 [[ 智光 ]] 等又失了学。

不久， [[ 江苏 ]] 省僧教育会，在 [[ 南京 ]] 开办「江苏僧师范学堂」，学堂设在南京三藏殿， [[ 月霞法师 ]] 担任学堂监督(后来由谛闲继任)。仁山自然不肯错过机会，到南京请求入学就读，而 [[ 智光 ]] 、 [[ 开悟 ]] 、 [[ 惠敏 ]] 等，也都转入僧师范学堂。学堂有学僧百馀人，分为戒、定、慧三班。在众多同学中，仍以仁山的表现最为突出，一直名列前茅。宣统三年(一九一一年)辛亥，中秋节过后革命党在武昌起义，全国响应。继之革命军攻打南京，受到战争影响，僧师范学堂又停办了， [[ 仁山 ]] 与 [[ 智光 ]] 等第三度失学。

辛亥革命成功，民国肇建(一九一二年)。这时一再中途失学的仁山，为青年学僧的教育前途感到十分气恼。他以为，佛教决不是没有钱办僧教育，而是诸山长老观念保守，不肯拿出钱来办僧教育。那时是民国元年(一九一二年)，临时政府在 [[ 南京 ]] 成立，仁山想上书教育部，请求把金山寺改为僧学堂，为佛教培育人才。他听说 [[ 太虚 ]] 到了 [[ 南京 ]] ，就到南京找太虚商议。太虚这时在南京组织「佛教协进会」，二人见面，太虚告诉他说∶佛教的改革，不是办一所僧学堂就可解决，如果能把佛教协进会办起来，则办僧学堂的事也就迎刃而解了。仁山听了十分赞成，放弃上书教育部的主张，协助太虚筹办佛教协进会。太虚曾以协进会之事谒见孙大总统，孙命秘书马君武接见太虚。一席交谈， [[ 马君武 ]] 对成立佛教协进会的主张颇为赞许。 [[ 太虚 ]] 积极筹备佛教协进会的成立大会， [[ 仁山 ]] 力邀太虚在金山寺开会，且谓南京附近有僧师范学堂的数十位同学，如 [[ 智光 ]] 、 [[ 观同 ]] 、 [[ 宏模 ]] 等都在镇江，可以协助。太虚以为成立大会可以在金山召开，但会址以设在南京为宜。

[[ 太虚 ]] 、 [[ 仁山 ]] 到了 [[ 镇江 ]] 金山寺，向方丈青权、监院荫屏、知客霜亭等，说明借金山寺开会的意愿。青权老和看 [[ 太虚 ]] 所撰的会章尚属平和，也就坦然应允。惟对仁山，以其系金山寺房头 [[ 观音阁 ]] 的剃度弟子，金山寺与房头僧之间相处不洽，故对之深抱疑忌，所以特别约了 [[ 扬州 ]] 的 [[ 寂山和尚 ]] ，带些人到寺中戒备。 [[ 太虚 ]] 、 [[ 仁山 ]] 等在寺布置会场，印发会章宣言、寄发开会通知等，通告 [[ 镇江 ]] 、 [[ 扬州 ]] 、 [[ 南京 ]] 、 [[ 上海 ]] 等处寺院，及镇江的军、政、商、学各界。

这时 [[ 扬州 ]] 来的 [[ 寂山 ]] 登台讲话，他以老僧训诫小和尚的口吻，对仁山的意见一一驳斥。这时激发了仁山的怒火，他再度登台，历述青权、寂山向来专制，压迫诸山，把持寺产，实行愚民政策。说到激昂处，他当众赌誓说∶

如此激烈的措辞，实是伤了保守派人士的颜面。寂山指著仁山，向他带来的僧众高声喊「给我打」，他带来的人一拥而上，包围了 [[ 仁山 ]] 。这时来宾中有赞成仁山主张的，看寂山专制蛮横，不由大怒，持手杖上去猛击寂山的头部，其他来宾亦鼓操响应。在这种众怒难犯的情况下，青权、寂山等人慑伏，遂通过 [[ 仁山 ]] 的提议，并推出 [[ 太虚 ]] 、 [[ 仁山 ]] 等接收 [[ 金山寺 ]] ，作为佛教协进会的会所，并筹备开办僧学堂。

当日会议开完，太虚以 [[ 南京 ]] 方面立案的事尚待进行，遂以镇江的事委付仁山主持，他先回 [[ 南京 ]] 。当日晚间， [[ 仁山 ]] 率了二十多位僧师范学堂的同学，到金山寺画定会所的房屋，次日开始办公，清点库房帐簿财产，并向禅堂宣布常课依旧进行。但这时 [[ 青权 ]] 、荫屏、 [[ 寂山 ]] 、霜亭等人避不见面，并在外面登报及呈报官厅，声称会议无效，以图推翻决议。某日晚间，霜亭率领工役数十人，打入会所，棍棒齐下，把仁山等几个人殴打成伤。

后来这件事闹到法院， [[ 青权 ]] 、霜亭等五、六个首从分子，都被判了数年或数月的徒刑。经此一闹，佛教协进会和佛教改革的事也就无疾而终了。天童寺住持 [[ 寄禅和尚 ]] 闻知 [[ 太虚 ]] 、 [[ 仁山 ]] 等「大闹金山寺」，颇愤年轻人卤莽行事，乃由 [[ 宁波 ]] 到 [[ 上海 ]] ，联合十七省僧侣，安排在上海留云寺开会，筹组「中华佛教总会」，他函召 [[ 太虚 ]] ， [[ 仁山 ]] 二人到 [[ 上海 ]] ，要二人协助他组织佛教总会的事务。民国元年(一九一二年)四月，各地僧侣在上海开会，决定成立「中华佛教总会」，将各省县原有的僧教育会，改组为地方分支机构。会中推举寄禅和尚为会长，同时太虚、仁山筹备的「佛教协进会」，也与佛教总会合并，不另成立。佛教总会是全国佛教社团的最高组织，会址设於上海静安寺。仁山驻会办公，对於这初成立的佛教总会，立下了章程制度，及处理日常会务。并以佛教总会立案之事向北京政府申请。

是年冬， [[ 湖南 ]] 发生攘夺寺产、销毁佛像事件，当地僧侣联名具状内务部，请求答复，而礼俗司长杜某抗不行文。寄禅应湘僧之请，约请各省僧界代表在 [[ 上海 ]] 开会，共商对策。众人共推寄禅以会长身份晋京请愿，他夏历十月中旬首途，十一月一日抵 [[ 北京 ]] ，寓宣武门外 [[ 法源寺 ]] 。旋与法源寺方丈道阶赴内务部陈情，该礼俗司长 [[ 杜某 ]] 态度蛮横，争辩有顷，未获结果，寄禅愤而返回法源寺。下车后即感胸部不适，乃就榻休息，侍者亦各归寝。翌日凌晨往视，寄禅和尚已经示寂了。时为民国二年(一九一三年)元月八日，壬子岁十一月初二，世寿六十有二。寄禅死得太突然，社会上颇有流言。这时寄禅和尚的诗友时任热河都统的熊希龄(民国元年，即一九一二年曾任北京政府财政总长)，以此事闻於大总统袁世凯。北京政府以此始核准了佛教总会立案的章程，佛教的寺产稍为获得保障。

民国二年(一九一三年)三月，佛教总会在上海开会，选出常州天宁寺的冶开禅师，和护法居士熊希龄二人为会长， [[ 静权]](清波)和尚为副会长。后来 [[ 仁山 ]] 以二位会长不过问会务，副会长静权在会中弄权，以致会务无法推展，乃离开佛教总会。受请到 [[ 扬州 ]] 担任天女寺住持，不再过问佛教总会的事。

民国七年(一九一八年)，北京护法居士，时任交通总长叶恭绰、铁路监办蒯若木，以及 [[ 蒋维乔 ]] 、 [[ 江味农 ]] 、 [[ 黄幼希 ]] 、 [[ 徐蔚如 ]] 等名流居士，发起「戊午讲经会」，礼请 [[ 宁波 ]] 四明山观宗讲寺的 [[ 谛闲法师 ]] 晋京讲经，并推举 [[ 北京 ]] 刻经会会长 [[ 徐蔚如 ]] 居士南下迎请。是年三月，年逾花甲的 [[ 谛闲老和尚 ]] 晋京之前，想找一位能讲能写的人，陪同他前去，如遇到自己不适的时候，可以有人代座，这样谛老想到了仁山。宣统三年，谛老在 [[ 南京 ]] 担任江苏僧师范学堂监督的时候，仁山在学堂受学，是品学兼优的好学生。乃写信约仁山同赴北京，并约定在 [[ 上海 ]] 净土庵聚齐。 [[ 仁山 ]] 法师接信，立刻赶到 [[ 上海 ]] ，陪同谛老北上，同去的还有后来弘化东北的 虚法师。谛老带 虚同去，为的是他是北方人，必要时要 虚把浙江话翻译成北方话。

[[ 谛闲老和尚 ]] 到 [[ 北京 ]] 后，在 [[ 江西 ]] 会馆讲 [[ 《圆觉经》 ]] ，其间果然病了一次，由 [[ 仁山 ]] 代座。是年七月讲经圆满，返回宁波时，叶恭绰、蒯若木二人各致送一千银圆供养，其他居士也各有馈赠，谛老说这钱带回去办佛学院用。原来观宗讲寺中设有「观宗研究社」，对寺内常住施以天台教义。谛老回到观宗寺后，把原来的研究社改为「观宗学社」，开始对外招生。至此仁山也入社就读，当时同班受学的，有 [[ 常惺 ]] 、宝静、显荫等，都是一时俊彦。还有两位年岁大的学生，一位是 [[ 上海 ]] 留云寺退居方丈 [[ 禅定法师 ]] ，是年已四十六岁;另一位中年出家的 [[ 虚法师 ]] ，是年四十四岁，不过在正科班的二十位同学中，后来以他的成就最大。 [[ 谛闲老和尚 ]] 以 [[ 仁山 ]] 法师精通法义，上了一学期后，请他在学社中任监学。

民国十七年(一九二八年)， [[ 南京 ]] 国民政府的内政部，有寺产兴学的拟议，仁山与时任金山寺监院的智光，运用地方士绅关系，联名呈请政府保护寺产，寺产兴学之议始渐平息。民国二十年(一九三五年)四月， [[ 上海 ]] 举行全国佛教徒会议及 [[ 中国 ]] 佛教会第三届会员大会，改选执行委员及监察委员。是时佛教中新旧两派对立，新派以 [[ 太虚 ]] 法师为领袖，旧派以圆瑛法师为领袖，而仁山属于新派。改选结果，新派胜利，一向操纵佛教会的沪杭名流失败，太虚一系的 [[ 仁山 ]] 、台源、 [[ 谢健 ]] 、黄忏华等都当选执行委员， [[ 仁山 ]] 并当选常务委员。 [[ 太虚 ]] 与 [[ 仁山 ]] 、 [[ 谢健 ]] 等接收佛教会，把原在上海的佛教会迁至国都所在地的 [[ 南京 ]] 办公。

未几旧派翻案，在 [[ 上海 ]] 另行开会，决议佛教会会所设在 [[ 南京 ]] ，由太虚、仁山主持，上海另设办事处，常会开会可即在上海举行。这无异是把 [[ 南京 ]] 的佛教会架空。 [[ 太虚 ]] 、 [[ 仁山 ]] 等宣告退职，而 [[ 太虚 ]] 与 [[ 圆瑛 ]] 间的裂痕乃至不可复合了。仁山辞去中国佛教会常务委员后，仍回高邮放生寺。以后多年，他除在学院讲学外，曾遍礼各地名山，随缘弘法，受到大江南北缁素的尊敬，与太虚大师同被视为当时佛教改革派的领袖。