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1969年,R.H.Whittaker根据生物的结构和营养方式的差异，把生物分为原核生物、原生生物、植物、真菌和动物的五界系统。他首先根据细胞的结构，把原核生物划分为原生生物界;又根据身体细胞的多少，把真核生物中的单细胞生物划分为原生生物界;最后再根据营养方式的不同，把多细胞生物中行光合作用的自养生物划分为植物界;营腐生生活的异养生物划分为真菌界;以摄食为主、有消化道的生物划分为动物界。
五界系统反映了生物进化的三个阶段和多细胞阶段的三个分支，是有纵有横的分类。它没有包括非细胞形态的病毒在内，也许是因为病毒系统地位不明之故。它的原生生物界内容庞杂，包括全部原生动物和 [[ 红藻 ]] 、 [[ 褐藻 ]] 、 [[ 绿藻 ]] 以外的其他真核藻类，包括了不同的动物和植物。
五界系统得到现代分子生物学资料的有力支持,很快被广泛接受,目前已成为生物分类的基础。