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《水资源保护》遵循“创新与实用兼顾、科学与技术并重”的选稿原则，所有刊出文章都经过多位同行专家审稿。主要内容涉及以下几方面：(1)水功能区划实施及水源地保护；(2)水资源优化配置；(3)生态系统 <ref>[https://www.sohu.com/a/375571451_120408029 什么是生态系统？]，搜狐，2020-02-24 </ref> 的保护和恢复；(4)地下水资源保护；(5)水处理技术和水环境治理技术；(6)水资源保护管理与经济社会发展互动指标体系研究。近年来，本刊重点关注与水有关的生态环境领域中的研究方向，新增设相关的基础研究、防治技术、城市水环境治理等内容。由于《水资源保护》关注的重点是水环境、水资源和中国大江大湖的环境生态问题和可持续发展，长期以来一直都是水利界和环保界的备受关注的重点期刊，在国内的影响力很大，拥有较广泛的读者群体。

4. 生态系统的保护和恢复：①水生态系统的恢复试验研究；②生态与环境用水定量化理论及应用；③河湖湿地生态恢复与保护；④江河源头水生态系统研究；⑤水利工程 <ref>[https://www.sohu.com/a/327194440_120035296 水利工程知识详解，你了解多少呢？]，搜狐，2019-07-16</ref> 对水生态系统影响规律及调控对策研究；⑥水生态保护管理技术的研究和国内外经验介绍。