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系统发育
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[[File:系统发育.jpg|缩略图|右|[https://gimg2.baidu.com/image_search/src=http%3A%2F%2Fimg.mp.itc.cn%2Fupload%2F20170713%2F2d1efabdba4c45b688e9613c2c93b571_th.jpg&refer=http%3A%2F%2Fimg.mp.itc.cn&app=2002&size=f9999,10000&q=a80&n=0&g=0n&fmt=jpeg?sec=1644722564&t=ccefa64acd0fda1b788dfb75a4a64ddc 原图链接][https://www.sohu.com/a/156797078_315159 来自搜狐网]]]
'''系统发育'''也称系统发展，是与个体发育相对而言的，它是指某一个类群的形成和发展过程。大类群有大类群的发展史，小类群有小类群的发展史，从大的方面看，如果研究整个植物界的发生与发展，便称之为植物界的 [[ 系统 ]] 发育。<ref>[http://www.mianfeiwendang.com/doc/97370f5b8386a4f3891850eb 种子植物学答案]免费文档</ref>
系统发育学研究的是进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表（进化树）来描述，这个进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化（基因树）、物种进化以及分子进化和物种进化的综合。
==模型组成==
系统发育的建树方法都会预先假定一个进化模型（Penny et al., 1994）。 <ref>[https://www.biomart.cn/experiment/430/430/430/745/44588.htm?positionId=7 系统发育分析_实验方法]丁香通</ref> 比如，所有广泛使用的方法都假定进化的分歧是严格分枝的，因此我们可以用树状拓扑发生图来描述已知的数据。但是在一个给定的数据组中，因为存在着物种的杂交以及物种之间遗传物质的传递，这个假定很可能会被推翻。因此，如果所观察的序列并非是严格遗传的话，大多数系统发育方法就会得到错误的结果。
系统发育方法中固有的模型会导致一些额外的假定：