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在朝中，纳兰明珠与 [[ 索额图 ]] 不和而相互仇轧。索额图生性乖张，朝中有不依附自己的大臣就立即排挤，与李光地关系亲密。纳兰明珠则为人谦和、乐善好施，擅于拉拢朝中新进，对政敌则在暗地里构陷，与徐乾学结成一派。当时索额图是太子党的成员，纳兰明珠就把朝中依附太子的人全都构陷排挤出去。

康熙二十一年(1682年)，纳兰明珠陪同 [[ 康熙 ]] 到东北考察，最远抵达乌喇地区。经过精心准备，纳兰明珠协助 [[ 康熙 ]] 调派黑龙江将军萨布素两次围攻雅克萨，迫使俄方同意和平谈判。康熙二十五年(1686年)，俄国谈判使团抵达北京，与以纳兰明珠为首的中方代表会谈。纳兰明珠遵照康熙指示，义正严词地驳斥了俄方的无理取闹，指出:"我国向无侵犯尔国之处，尔国人却无故施放枪炮，杀我居雅克萨等地徒手虞人(即猎人)，并屡次纳我逃人。"俄方最终同意撤出雅克萨的俄军。纳兰明珠与俄国使团的谈判为日后《尼布楚条约》签订创造了重要条件。