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少年就读于四川美专，像 [[ 方旭 ]] 、 [[ 刘咸荥 ]] 等人学习 。三年后乘舟东下，到上海考入由 [[ 吴昌硕 ]] 后人创办的昌明艺专。在昌明艺专他师秉王一亭、潘天寿、诸乐三等诸家称为吴门再传弟子。他与友人在成都创办成都东方美术专科学校，任国画系主任、校长等职，曾聘黄宾虹先生入川讲学，抗战期间因经费紧张学校解散，他便以卖画为生。 小他十岁的胞弟长安画派创始人 [[ 石鲁]]( [[ 冯雅珩]])受它影响，就读该校，走上了学画之路，在此后长达半个世纪的时光里，他的命运和画艺总和石鲁紧紧的联系在一起，如果没有冯建吴，石鲁不可能成为画家，而没有石鲁，冯建吴也许将在传统中终其一生。