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山东省药学会的办事机构为秘书处。秘书处内设综合协调部、[[学术]]交流与技术咨询部、科普教育与培训部、编辑部及山东省药学会网站。

协助秘书长组织协调各部室间的工作和联系；负责拟定本会的各项工作[[制度]]、工作计划和工作考核；负责本会办事机构的人事、财务、文秘、资料档案、资产管理等工作；负责学会宣传、发展与管理个人会员和单位会员；负责本会各专业委员会的换届改选工作和新专业委员会的发展工作；负责接待、安全保卫及日常管理工作；负责微机的管理维护及行政后勤工作。

制定和实施本部室工作计划； 负责药学科学技术等方面的普及与推广；编辑发行内部刊物；承担对会员、药学科技人员的培训及人才培养工作；负责本会继续教育项目和继续教育学分证书的管理工作；举办医药[[科技]]展览、信息发布等活动；负责拟定网络建设[[计划]]与实施方案；承担中国药学会和有关部门交办的继续教育工作。

制定和实施本部室工作计划；负责组织实施国际、国内学术交流及本会各专业委员会的学术活动[[计划]]；负责学术会议、论文证书的管理工作及优秀论文的评选工作；开展医药新产品、新技术的开发应用及新药研发的咨询[[工作]]；承担山东省科技进步奖（医药部分）和山东省药学科学技术奖评审的组织协调工作；负责中国药学科技奖的推荐工作；承担其他技术性评估、评审等工作。