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分子建模
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|<center>'''分子建模'''<br><img
src=" https://bj.bcebos.com/shitu-query-bj/2023-03-24/08/d8da4354bff490ff?authorization=bce-auth-v1%2F7e22d8caf5af46cc9310f1e3021709f3%2F2023-03-24T00%3A58%3A25Z%2F300%2F%2F86ca9bed502f12d73d2e1a489a512c2386d68d3b6e77e2c1c8caad229c3aced5" width="280"></center><small> 圖片來自百度</small>
|}
分子可以由同种原子构成，也可以由不同种类的原子构成。最简单的分子只含有一个原子，如稀有气体的分子。大多数非金属构成的分子为双原子分子，如氮、氧等分子。化合物是由不同元素组成的分子，为数最多。
分子模型就是直观的表现分子的空间结构，包括键长键角，主要是空间构象。还可以旋转键，制造不同的空间构型观察分子的稳定性。<ref>[[R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, ISBN 0-444-51082-6]]</ref>
==简介==
分子建模涵盖了用于建模或模仿分子行为的所有理论和计算方法。该方法应用于计算化学、[[药物设计]]、计算生物学和材料科学等领域。研究从小型化学系统到大型生物分子和[[材料]]组装的分子系统。可以手动执行最简单的计算，但是不可避免地需要计算机来执行任何尺寸合理的系统的分子建模。分子建模方法的共同特征是分子系统的原子级描述。这可以包括治疗原子作为最小独立单元（一个[[分子力学]]的方法），或明确地与它的光子（一个建模质子和中子以其夸克，抗夸克和胶子和电子的[[量子化学]]方法）。
分子力学是分子建模的一个方面，因为它涉及使用经典力学（[[牛顿力学]]）来描述模型背后的物理基础。分子模型通常将原子（原子核和电子）描述为具有相关质量的点电荷。相邻原子之间的相互作用通过类似于弹簧的相互作用（表示[[化学键]]）和范德华力来描述。在兰纳-琼斯势通常用来形容后者。静电相互作用是根据库仑定律计算的。在笛卡尔空间或内部坐标中为原子分配坐标，也可以在动力学模拟中为其分配速度。原子速度与系统温度（宏观量）有关。[[集体]]数学表达式称为[[势函数]]，并且与系统内部能量（U）相关，系统内部能量（U）等于势能和动能之和的热力学量。使势能最小化的方法称为能量最小化方法（例如，最速下降和[[共轭梯度]]），而随时间传播对系统行为进行建模的方法称为[[分子动力学]]。
==评价==
随着分子概念的发展，化学家对于无机分子的了解也逐步深入，例如[[氯化钠]]是以[[钠离子]]和[[氯离子]]以[[离子键]]互相连接起来的一种无限结构，很难确切地指出它的分子中含有多少个钠离子和氯离子，也无法确定其分子量。
在研究短寿命分子的方法出现以后，例如用微微秒光谱学研究方法，测得甲基的寿命为10-13秒，不但寿命短，而且很活泼，其原因是甲基的价键是不饱和的，具有单数电子的结构。
这种粒子还有CH·、CN·、HO·，它们统称为[[自由基]]，仅具有一定程度的稳定性，很容易发生化学反应，由此可见自由基也具有分子的特征，所以把自由基归入分子的范畴。
现在常规使用分子建模方法来研究无机，生物和聚合物系统的结构、[[动力学]]、表面性质和热力学。使用分子建模已研究的生物活性类型包括蛋白质折叠、[[酶催化]]、蛋白质稳定性，与[[生物分子]]功能相关的构象变化以及蛋白质，DNA和[[膜复合物]]的分子识别。
'''视频'''
'''分子结构模型'''
[https://haokan.baidu.com/v?pd=wisenatural&vid=12054088174618000977 好看视频]
==参考文献==
{{Reflist}}
|<center>'''分子建模'''<br><img
src=" https://bj.bcebos.com/shitu-query-bj/2023-03-24/08/d8da4354bff490ff?authorization=bce-auth-v1%2F7e22d8caf5af46cc9310f1e3021709f3%2F2023-03-24T00%3A58%3A25Z%2F300%2F%2F86ca9bed502f12d73d2e1a489a512c2386d68d3b6e77e2c1c8caad229c3aced5" width="280"></center><small> 圖片來自百度</small>
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分子可以由同种原子构成，也可以由不同种类的原子构成。最简单的分子只含有一个原子，如稀有气体的分子。大多数非金属构成的分子为双原子分子，如氮、氧等分子。化合物是由不同元素组成的分子，为数最多。
分子模型就是直观的表现分子的空间结构，包括键长键角，主要是空间构象。还可以旋转键，制造不同的空间构型观察分子的稳定性。<ref>[[R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, ISBN 0-444-51082-6]]</ref>
==简介==
分子建模涵盖了用于建模或模仿分子行为的所有理论和计算方法。该方法应用于计算化学、[[药物设计]]、计算生物学和材料科学等领域。研究从小型化学系统到大型生物分子和[[材料]]组装的分子系统。可以手动执行最简单的计算，但是不可避免地需要计算机来执行任何尺寸合理的系统的分子建模。分子建模方法的共同特征是分子系统的原子级描述。这可以包括治疗原子作为最小独立单元（一个[[分子力学]]的方法），或明确地与它的光子（一个建模质子和中子以其夸克，抗夸克和胶子和电子的[[量子化学]]方法）。
分子力学是分子建模的一个方面，因为它涉及使用经典力学（[[牛顿力学]]）来描述模型背后的物理基础。分子模型通常将原子（原子核和电子）描述为具有相关质量的点电荷。相邻原子之间的相互作用通过类似于弹簧的相互作用（表示[[化学键]]）和范德华力来描述。在兰纳-琼斯势通常用来形容后者。静电相互作用是根据库仑定律计算的。在笛卡尔空间或内部坐标中为原子分配坐标，也可以在动力学模拟中为其分配速度。原子速度与系统温度（宏观量）有关。[[集体]]数学表达式称为[[势函数]]，并且与系统内部能量（U）相关，系统内部能量（U）等于势能和动能之和的热力学量。使势能最小化的方法称为能量最小化方法（例如，最速下降和[[共轭梯度]]），而随时间传播对系统行为进行建模的方法称为[[分子动力学]]。
==评价==
随着分子概念的发展，化学家对于无机分子的了解也逐步深入，例如[[氯化钠]]是以[[钠离子]]和[[氯离子]]以[[离子键]]互相连接起来的一种无限结构，很难确切地指出它的分子中含有多少个钠离子和氯离子，也无法确定其分子量。
在研究短寿命分子的方法出现以后，例如用微微秒光谱学研究方法，测得甲基的寿命为10-13秒，不但寿命短，而且很活泼，其原因是甲基的价键是不饱和的，具有单数电子的结构。
这种粒子还有CH·、CN·、HO·，它们统称为[[自由基]]，仅具有一定程度的稳定性，很容易发生化学反应，由此可见自由基也具有分子的特征，所以把自由基归入分子的范畴。
现在常规使用分子建模方法来研究无机，生物和聚合物系统的结构、[[动力学]]、表面性质和热力学。使用分子建模已研究的生物活性类型包括蛋白质折叠、[[酶催化]]、蛋白质稳定性，与[[生物分子]]功能相关的构象变化以及蛋白质，DNA和[[膜复合物]]的分子识别。
'''视频'''
'''分子结构模型'''
[https://haokan.baidu.com/v?pd=wisenatural&vid=12054088174618000977 好看视频]
==参考文献==
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