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康熙二十六年冬（1687年），直隶巡抚于成龙（小于成龙）向康熙密奏：“官已被明珠和余国柱卖完。”康熙帝问高士奇：“为什么没有人参劾？”高士奇回答：“人谁不怕死？”康熙二十七年（1688年），御使郭琇上疏弹劾纳兰明珠结党营私、排斥异己。[10]康熙皇帝决意打击纳兰一党，随即罢黜纳兰明珠大学士，交给侍卫酌情留用。但没过多久明珠随康熙西征葛尔丹，随后官复原职，但此后二十年没有再被重用。康熙四十七年（1708年），纳兰明珠病故，康熙派皇三子胤祉前往祭奠。[11]