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北大毕业后，先后在湖南省担任村、镇、县(县级市)、市党委政府和省直机关主要领导。2010年根据中央关于中央国家机关与地方党委政府司局级中青年干部双向交流任职的精神，中央组织部、财政部党组、中共湖南省委决定，吴奇修由湖南省湘潭市人民政府市长调任财政部监督检查局局长。现任财政部农业司司长、国务院农村综合改革办公室主任。担任过地方党委、政府和中央国家机关6个正厅(市)级单位(地区)正职15年。