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1861年創飛劃營，抬划船入湖，協同陸軍在菱湖一帶攻破太平軍營壘。陷安慶，授安徽巡撫（正二品）。三次上疏力辭，雲：“以臣起自戎行，久居戰艦，草笠短衣”，“一旦身膺疆寄，進退百僚，問刑名不知，問錢谷不知”，“且身無學求”，“更虞不勝重任”。清廷以其“真實不欺”，遂改任為水師提督（次一品），複授兵部左侍郎。

1862年率水師策應曾國荃陸師沿江東下，堵截天京護城河口。1863年年與[[楊載福]]等破江浦、九洑洲、浦口，斷絕天京糧道。攻陷天京，獲賞一等輕車都尉世職，加太子少保。1864年任漕運總督（次一品），又辭。

1868年設長江水師，奏定長江水師營制，任首任長江巡閱使，每年巡視長江水師一次，實為“得專殺戮，先斬後奏”的欽差大臣。同曾國藩奏定長江水師營制：“自荊、嶽二州至崇明縣五千餘裡，設提督一員。總兵五員，以六標分汛，營哨官七百九十八員，兵萬二千人。”次年春，回籍，因渣江老屋荒圮，於衡州府作屋三重，曰“退省庵”。

祖先帶來的思澤，便驕傲橫行，放縱自己。讀書應當有恒心切記不要學到新知識就忘掉舊知識。把你每月學的功課寫信告訴我：做詩幾首?寫文章幾篇，邊讀邊圈點的經典籍有幾卷?必須要詳細說明不要有遺漏，這樣我心裡就高興了。寫毛筆宇，每天早晨至少必須臨貼幾百個字。自5周初一始，天氣漸漸熱了，每大早起床為奸。早起一個小時，倔多學——分知識。早晨空氣清新．人的頭腦也清醒，這時候做事情，處處都能得到大自然的靈氣。我們家本是知書識地位的家庭，哪能容忍有不爭氣的子孫呢？勤奮與儉樸，我為人處世僅身的原則，有恒心又是勤奮與儉樸的根源。雖然遇到事情多，很忙，當日功課未做完，雖然第二天把看書與字的任務補齊了，自己心裡也不高興。因此，必須忙裡偷閒，把當天的事情當天做完。當然，這個辦法是下策，上策應該是必須早起幾個小時用來做功課，決不可以認為今天耽擱了，就認為還有明天彌補呢。也不可以認為明天有事，今天提前把事情做了就是對的。我這樣做多年如一日，沒有間斷，也沒有感到辛苦。要求你把我的方法試用一下，心裡牢牢記住‘有恆’二字。希望你時時刻刻牢記在心。”

彭玉麟教子，不是無端指責．空洞說教，而是用自己讀書習文的方法勸誡兒子，要求兒子也能這樣做，養成每天讀書寫字的習慣，今日事，今日做，牢記“有恆”二字，並引用陶侃搬磚的典故進行啟發、教育。彭玉峨認為：“勤與朴，為餘處世立身之道，有恆又為勤朴之根源。”言簡意賅，富有哲理．耐人尋味。<ref>[http://hl.zdic.net/msjr/minsu/0609/13bde71968c00d94cb4e305d74d1f3cd.html 彭玉麟教子牢記“有恆”二字]</ref>

==「雪帥」彭玉麟 畫梅十萬報知己==