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机库为储存和整备航空母舰舰载机的地方，又分成“开放”和“封闭”两种。采用开放结构的航母舰体为机库，甲板上方再额外建造机库墙壁、甲板支撑柱等结构，再加上飞行甲板。开放机库的优点为通风良好、伤害管制佳，炸弹若击入机库中爆炸造成的冲击波会释放到外面；结构较轻、容纳飞机多以及可依舰载机尺寸作修正。航母自启蒙时期一直到二战中期多为开放结构。[[封闭机库]]则为机库与船体结构整个一体成形，飞行甲板为封闭强化结构，这种机库的优点有防御力强、结构坚固、[[核生化防护]]佳等。由于封闭机库容易累积易挥发的气体、受到攻击或者是意外而着火的舰载机不能直接丢入海中等问题，一度很难被船舰设计师所接受。然而当舰载机喷气化后航空燃料变得相当安全，加上后来发展的消防灭火与监控装置协助，封闭机库因而成为了主流。机库内除了航空飞行联队的维修人员外，还有隶属于航母的“飞机中期维修部门”（AIMD），可负责进行较大工程的维修作业并分作“引擎部门”（维修舰载机的引擎）、“综合部门”（修补破损的机体结构或机翼）、“电子零件部门”（整备精密电子设备，如[[雷达]]、[[感应器]]）和“救难装备部门”（维修飞机驾驶员的安全设备），若是 [[ 美国海军 ]] 的航母还可在机库内进行[[引擎喷气]]的试验。