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四十四年四月， [[ 明世宗 ]] 召郭朴回京任职。郭朴因守制（3年）未终，不愿赴任。但明世宗念其做官廉正，特欲用之，未准其请，他只好离家再次出任 [[ 吏部 ]][[ 尚书 ]] 。

四十五年（1566年）三月，郭朴兼任武英殿 [[ 大学 ]] 士，与高拱（河南省新郑人）同时入阁，时内阁首辅为徐阶。是年十二月，明世宗驾崩，明穆宗即位。徐阶在草拟遗诏的时候，未同高拱、郭朴商议，遂引起高、郭二人不满，隔阂日深。

隆庆元年（1567年）五月，高拱愤而致仕。九月，郭朴也致仕回籍。告老还乡后，回到故乡 [[ 安阳 ]] 隐居于安阳东郊，过着普通老百姓的生活。他曾赋诗咏怀：“茅厦三间蔽日，槿篱四面遮风。几上一编农谱，壁间几幅耕图。”这就是他晚年的真实写照，根本不像一个曾位居宰相的人。

万历二十一年五月十八日，郭朴卒，享年83岁。赠 [[ 太傅 ]] ，谥文简。有《文简公集》。

[[ 翌年 ]] 十一月二日葬于韩陵之阳。

这么一来，前来祝贺的官员、乡绅见德高望重的郭阁老这样敬重这位穷兄弟，也都纷纷赠送银子。有三两的，也有五两的，有些没带零碎银两的就 [[ 慷慨 ]] 地送了随身携带的 [[ 珠宝 ]] 。一会儿，就有了几百两纹银，还有珠宝 [[ 玉器 ]] 等贵重物品。

世宗皇帝看过海瑞的奏章，顿时七窍生烟，火冒三丈，将海瑞的奏章狠狠摔在地上，厉声对殿前 [[ 侍卫 ]] 喝道：“这哪里是提意见，分明是对朕的恶意攻击，胆大狂徒，一派胡言，快与朕拿住此人，不要放走了他!”

一个名叫黄锦的太监马上告诉皇帝：“ [[ 皇上 ]] ，听说这个海瑞上疏时，预先就买了一口棺材，并且和妻儿老小诀别，给家里所有的闲杂人等一一发了银两，让他们各自投亲靠友去了，这个海瑞决不会逃走的。”

郭朴奏道：“海瑞这样做，实在愚笨，他做知县时就憨厚刚直，但是，海瑞的内心也是为了陛下好，其心尚可原谅，老臣乞请陛下开恩，饶恕海瑞，他一定会为陛下的 [[ 江山 ]] 社稷肝脑涂地。”

郭朴于嘉靖十四年（1535年）中 [[ 进士 ]] ，名列“二甲”第四名。四十年冬，任吏部尚书。四十二年三月，因父亲去世，离职回乡守孝。吏部尚书由严讷代之。四十四年四月严讷由吏部入阁，吏部尚书暂缺，世宗即召郭朴回京任职。这时，他在家守制（3年）尚未到期，不愿赴京做官，请求允许守制尽孝。但世宗念他做官为政清廉，未准其请。他只好赴京出任吏部尚书。