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喀喇昆仑山 [[ 垂直气候 ]] 差异明显。如 [[ 印度河 ]] 上游一些海拔3000米以下的谷地，年降水量均不足100毫米，属干旱荒漠。大冰积累区的年降水量在1000毫米以上。

冬春受 [[ 西风环流 ]] 影响降水丰富，夏季亦有一定数量的降水，形成降水的两个明显峰值，以冬春为主。在正常年份，喀喇昆仑山受印度洋西南季风影响范围较小，但西南季风强大年份常带来暴雨性降水，造成洪水与泥石流灾害。

该山脉的气候主要是半乾旱和 [[ 十足大陆性 ]] 的气候。南坡因受到来自印度洋季风的影响而湿润，但北坡却极为干燥。在山坡的底部和中部，雨雪量少; ； 年平均降水量不超过100毫米。在超过4877米的高度，降水总取固态形式，然而，即使高度再降低一些，6月雪也属常见。在约5700米的高度，在最暖月的平均温度低於0℃，在海拔3900~5700 ～5700 米之间，温度低於10℃。稀薄的空气、强烈的太阳辐射、强风和日温差，是这一地区独有的气候特征。高海拔雪原的极端状况会形成 [[ 融雪圆丘 ]] 。向上运动的风促成广泛的风蚀。