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在冯小宁的家族中有着一批中国优秀的知识分子。冯小宁的爷爷冯亮功，1923年在唐山铁道学院上大学时加入 [[ 中国共产党 ]] ，任支部书记，1927年后转到江西，第五次反围剿中牺牲于宁都；叔爷冯树功，曾是居里夫人的学生，回国后在燕京大学专攻核物理，成为当时中国罕见的核物理人才，1937年日军占领北平，他因拒绝去日本为日军研制核武器，被日军残杀于燕京大学门口。  

冯小宁的外公 [[ 傅种孙 ]] ，是中国著名数学家、教育家，1923年与[[鲁迅]]、[[李大钊]]等共为北京女子师范大学教授。解放后任北京师范大学校长、数学系主任，是[[华罗庚]]的老师。1957年被打为右派，1963年在忧郁中去世。  

冯小宁的父亲 [[ 冯雨荪 ]] ，为北京石油学院炼制系副主任，是我国石油工业的优秀专家，学生中就有后来的国务院副总理吴仪。1957年被打为右派，1967年惨死于文化大革命，年仅44岁。