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黄龙自然保护区生态系统复杂多样，生境多样性很高。其境内自然条件优越，山体高大、河谷深切，海拔跨度大。区内生境按照动物的栖息地类型大致可分为8种。
从下到上分别为：常绿阔叶林、低山次生灌丛、针- — 阔混交林、针叶林、高山灌丛草甸，另外还有溪流、房屋和裸岩。一般情况下，由于常绿阔叶林生境多样性高，食物丰富，因而哺乳动物种类最丰富。其次是低山次生灌丛，然后依次是针阔混交林、针叶林、高山灌丛草甸。在裸岩、房屋和溪流生境中种类最少。
然而，由于常绿阔叶林海拔较低，人类活动频繁，破坏严重，因而，处于原始状态的常绿阔叶林很少，多处于次生状态，且面积小，故哺乳动物除小型动物外，大中型动物仅偶尔下到低海拔的常绿阔叶林中。
小型动物中主要有[[长吻鼹]]、[[岩松鼠]]、[[巢鼠]]、高山[[姬鼠]]、大耳姬鼠、龙姬鼠、[[白腹鼠]]、[[社鼠]]、黑腹绒鼠、甘肃[[绒鼠]]、普通[[竹鼠]]、四川林[[跳鼠]]、[[豪猪]]等；大中型动物中，[[豺]]、[[赤狐]]、[[黑熊]]、[[黄喉貂]]、[[黄鼬]]、[[猪獾]]、[[果子狸]]、[[林麝]]、[[毛冠鹿]]、[[水鹿]]、[[苏门羚]]等。在低山次生灌丛生境中，小型动物是主要栖居者。低山次生灌丛多为人类破坏后演替起来的，人类活动频繁，大型动物很难找到适宜的隐蔽场所。在黄龙寺自然保护区，低山次生灌丛主要分布于公路两旁，各条山沟的沟谷及保护区边缘与社区接壤地带。
常见哺乳动物有食虫类、鼠类及小型鼬科动物。如[[黄鼬]]、[[黄腹鼬]]、[[猪獾]]、[[岩松鼠]]、[[巢鼠]]、高山 [[ 姬鼠 ]] 、大耳姬鼠、龙姬鼠、 [[ 社鼠 ]] 、 [[ 黑腹绒鼠 ]] 、甘肃 [[ 绒鼠 ]] 、 [[ 豪猪 ]] 等。针阔混交林是黄龙寺自然保护区主要生境之一，分布于区内2400米至3600米之间。生境多样性较高，植物种类复杂，层次丰富。也是哺乳动物较丰富的生境。
在常绿阔叶林中有分布的动物几乎都可分布于该类生境中，除此以外，由于适中的海拔、良好的隐蔽场所，因而许多大中型兽类常活动于其间。如 [[ 猕猴 ]] 、金丝猴、 [[ 黑熊 ]] 、 [[ 大熊猫 ]] 、 [[ 金猫 ]] 、 [[ 豹 ]] 、 [[ 云豹 ]] 、 [[ 羚牛 ]] 等。针叶林是保护区又一主要生境，分布于3600米至4100米之间，植物多样性较低，树种较单一，层片较单调，由于生境郁被度较高，下层透光度较差，灌木、草本植物生长受到影响，再加上海拔较高，水热条件较差，生境多样性不高。但干扰较小。生境中小型动物较贫乏，大中型动物较多。如 [[ 林麝 ]] 、 [[ 马麝 ]] 、 [[ 马熊 ]] 、豹、 [[ 牛羚 ]] 、 [[ 兔狲 ]] 、 [[ 猞猁 ]] 、大熊猫等都可栖息于该生境中。在腐殖质较厚的生境中，食虫类和鼠兔类也较常见，如藏鼠兔、间颅鼠兔等。
高山灌丛草甸生境在林线以上，区内分由于海拔4000米以上，以金露梅和杜鹃灌丛为主。其主要特点是干旱、寒冷，动物主要是古北界高地型、中亚型动物为主，它们是北方动物向南侵入而形成的，都耐干旱和寒冷。常见哺乳类有鼠兔类、高原兔、松田鼠、高原松田鼠、四川田鼠、喜马拉雅[[旱獭]]、马麝及一些以鼠兔、田鼠为食的中小型食肉动物，如香鼬、兔狲、[[猞猁]]、[[狼]]、[[赤狐]]、[[藏狐]]、金猫等。岩羊也经常下到高山草甸觅食。裸岩生境是一些动物临时的栖息地，它们不能在该类生境中完成生命的全过程，在裸岩生境中栖息的动物有岩羊、猕猴、金丝猴等。房屋是一类特殊生境，在黄龙自然保护区内除了翼手类在屋檐、墙缝中栖息外，只有黄胸鼠是较为常见的栖息者，社鼠、白腹鼠在秋季和冬季也会进入房屋内寻找庇护所。水域生境中哺乳动物较少。