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清康熙二十三年(1684年)，康熙帝首次次南巡到达金陵，亲往孝陵拜祭。“上由甬道旁行，谕扈从诸臣皆于门外下马。上行三跪九叩头礼，诣宝城前行三献礼； 出， 复由甬道旁行。赏赉守陵内监及陵户人等有差。谕禁樵采，令督抚地方官严加巡察。”其谒陵态度之恭敬，礼数之尊崇，出乎大多数人的意料。“父老从者数万人，皆感泣”。

清康熙三十八年(1699年) [[ 玄烨 ]] 下江南拜谒孝陵，题“治隆唐宋”碑于碑亭。

明清鼎革，明孝陵仍享有崇高的地位。尤其是康乾年间， [[ 康熙南巡 ]] ，六次遣官拜祭，五次亲往 [[ 谒陵 ]] ；乾隆六次南巡，更是次次至明孝陵“拈香奠酒”。且二人祭拜时均行三跪九叩之大参礼，可谓优渥有加。被时人誉为“礼文隆渥，逾于常祀，是乃千古盛德之举”。

清 [[ 咸丰 ]] 年间，太平天国战火几乎让明孝陵地表建筑毁于一旦，康熙手书御碑倒地破碎。

清 [[ 同治 ]] 三年(1864年)九月，时任两江总督 [[ 曾国藩 ]] 奉诏祭陵，着手修复明孝陵。当时，曾国藩派员勘估，明孝陵维修实际需白银20万两，但是清朝财政拮据，结果最后只用了740两银子做了一些小维修，“治隆唐宋”御碑被扶起粘合。原本人们可以从石碑左右二边绕过，而在1980年代以后，整个石碑左右都被水泥所固定，一直到屋顶；所以要先从御碑殿出来，才可以看到 [[ 龟趺 ]] 的后面。[2]

清 [[ 宣统 ]] 元年(1909年)两江洋务总局道台和江宁府知府会衔于文武方门前竖立特别告示碑，用来告诫相关世界各国游客不要在此乱涂乱画。

民国元年(1912年)2月15日， [[ 孙中山 ]] 携 [[ 南京 ]] 临时政府官员谒祭明孝陵，并拟祭文。(右图：前排左三为南京临时政府南京卫戍总督徐绍桢，左四为陆军总长黄兴，左五为临时大总统孙中山，左六为海军总长黄钟瑛，左七是教育总长蔡元培。)

1961年，明孝陵被公布为首批 [[ 全国重点文物保护单位 ]] 。

1997年起， [[ 文物 ]] 工作者利用精密磁测等高科技手段对孝陵进行长达6年的考古勘探和研究证实， [[ 历史 ]] 上没有一次能够盗掘成功。之所以至今保存完好，是明孝陵的特殊防盗措施、历史机缘以及地理位置共同决定的。

2003年7月，第27届世界遗产大会上，明孝陵作为“ [[ 明清皇家陵寝 ]] ”扩展项目被列入《 [[ 世界遗产名录 ]] 》，其周边的 [[ 明功臣墓 ]] ， [[ 常遇春墓 ]] 、 [[ 仇成墓 ]] 、 [[ 吴良墓 ]] 、 [[ 吴桢墓 ]] 及 [[ 李文忠墓 ]] 等5座功臣墓也同时被划入世界遗产保护范围。

世界遗产委员会评价：明清皇家陵寝依照风水理论，精心选址，将数量众多的建筑物巧妙地安置于地下，它是人类改变自然的产物，体现了传统的建筑和装饰思想，阐释了封建中国持续五百余年的世界观与权力观。明清皇家陵寝分布于 [[ 北京 ]] 、 [[ 湖北 ]] 、 [[ 辽宁 ]] 、 [[ 安徽 ]] 、 [[ 江苏 ]] 等地，是中国明清两朝皇帝陵寝建筑群，按照严格的等级规制营建，具有完整的地上、地下建筑体系，布局严谨，规模宏大，建筑华美，工艺精细，体现了中国封建社会最高的丧葬制度。

2008年6月， [[ 南京 ]] 明孝陵方城明楼加顶保护工程开工。

2009年2月， [[ 明孝陵博物馆 ]] 正式对公众免费开放，是关于明太祖朱元璋、世界文化遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆，新馆外观采用了明清时期江南地区的建筑风格，白墙、灰瓦、雕花木门、坡顶屋面、马头墙、花格窗等典型元素的运用，使得整体建筑与周边明孝陵遗存的大金门、四方城等文化遗址和草木葱郁的自然环境相协调，这也与600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不谋而合。

2019年7月，明孝陵大数据监测预警平台正式启动建设，建成后将对明孝陵内的”国宝”本体进行全天候监测，所有监测数据与 [[ 中国世界文化遗产 ]] 监测预警总平台数据对接。