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生物燃料（英语：Biofuel）、生质燃料或生态燃料，泛指由生物质组成或萃取而成的固体、液体或气体。生物质可以用三种不同的转化方法转化为易于利用、含有能量的物质，包含：热转化，化学转化，和生物化学转化。此生物质转换可能会产生固体，液体或气体的形式，而这种新的生物质可用作生物燃料。所谓的生物质系指有机活体或者有机活体新陈代谢的产物，例如牛粪。不同于石油、煤炭、核能等传统燃料，这种新兴燃料是可再生燃料。因为油价上涨和能源安全的需要，生物燃料越来越受欢迎。然而，根据欧洲环境署，生物燃料并不一定能减缓全球暖化。

生物燃料其中一种定义是“至少80％的体积是由十年内生产的有机活体物质提炼出的燃料。”

生物柴油是由植物油和动物脂肪制成。纯的生物柴油可以被作为车辆燃料，但它通常是作为柴油的添加剂，以降低柴油车辆排放的微粒，一氧化碳和烃类。生物柴油是油或脂肪经由酯交换反应生成的，在欧洲是最常见的生物燃料。

2010年，全球生物燃料产量达到1050亿升（280亿美制加仑），较2009年增长17％。生物燃料提供世界上道路交通燃料的2.7％，其中主要是乙醇和生物柴油。全球燃料乙醇的生产在2010年达到了860亿升（230亿美制加仑），其中美国和巴西为世界上产量最多的生产者，占全球产量的90％。世界上最大的生物柴油生产者是欧盟，占2010年生物柴油总生产的53％。国际能源署有一个目标，到2050年用生物燃料满足超过全球需求运输燃料的四分之一，以减少对石油和煤炭的依赖。

来源

专门培植为生物燃料原料的作物，有主要在美国出产的玉米和黄豆；主要在欧洲的亚麻籽和油菜籽；巴西的甘蔗；东南亚的椰子油。工业、农业、林业、一般家庭制造出可生物分解的产物都可以作为原料，例如：稻草、麦梗、稻糠、木薯、木材、粪便、废水和厨余等。这些原料经由无氧消化转换为生化气体。制成燃料的生物质，其原料常常是一些未被充分使用的废弃物，像稻秣与动物废弃物。至于木材与草的品质并不直接影响能量产生的多寡。

现在有许多科学家开始研究使用藻类或蓝菌做为另一种生物燃料的原料，应用的层面包括生质柴油、甲醇、乙醇、甲烷，甚至氢燃料。以大麻做为原料的研究也在增加，但大麻的研究还得面对法律方面的问题（为了避免毒品问题而对大麻种植的限制）。巨皇草收成快体积大，燃烧时与煤炭的能量比为5:3所以5吨可以取代3吨煤炭，另外该草不必像生物柴油一样经过提炼过程为液态才能使用，简单加工后可以直接燃烧，适用经济较贫困的地区或低成本产业，所以巨皇草已经被列为尖端抗暖化措施在进行研究。

在一些工业化的国家，例如德国，因为一般燃料的课税比食物的高，所以由每单位食物产生能量的价钱较用一般燃料便宜。

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