三十四年四月，臺灣奸民 [[ 黃教 ]] 滋事；命往查辦。文儀疏言：『黃教遁入深山，見獲逆黨韓筆等三十八人，審明正法；黃理等三十一人，分別議擬』。又疏報續獲李井等六人。諭曰：『余文儀到臺灣以後，惟安坐府城審擬案犯；而於勦捕事宜置之不問，亦未奏及一語。若以身係文職，勦賊之事與彼無涉者然；殊屬非是！軍旅之事，固不責之文員；但臬司大員非下僚末秩可比，地方有此等大案，豈可不一體仔肩，實心協緝！縱文員不能親臨行陣，獨不當督策將弁上緊勦賊乎？臬司原有奏事之責；況余文儀係專派前往，豈以一稟督、撫以為畢乃事乎？余文儀妄分畛城，實係規避，不可不示以懲儆；著交部嚴加議處』。總督[[崔應階]]奏：『黃教等已就斬獲，具係買線緝捕，官兵並無當場殺獲之功。余文儀不能查出武職冒功，咎無可辭』。得旨：『余文儀向為刑部司員，尚能辦事，且係文職；著從寬以刑部員外郎用』。十月，補刑部陝西司員外郎。