由於他不滿意教會的使命及立場，首先內村和他的日本朋友合力在札幌建立一個獨立的奇特教會。本試驗變成了現在稱為無教會主義。通過克拉克對他的教誨，這一小群人都相信能夠獨立實踐基督教信念，沒有依賴於一個機構或神職人員。

他最有名的不妥協事件，是他在高校的一次正式儀式拒不低頭（即不偶像崇拜）明治天皇畫像和《教育敕語》。因為他的宗教信仰不符合日本的教學理念，他又轉向為大眾報紙《萬朝報》創作，成為資深專欄作家。內村的名氣使他成為受歡迎的專欄作家，並抗議現代日本的第一次工業污染案件足尾礦毒事件。