梭菌屬成員很多，有些對人具致病性，如產氣莢膜梭菌、 [[ 破傷風 ]] 梭菌和肉毒梭菌。產氣莢膜梭菌產氣是一種常見的引起食物中毒的細菌。可引起傷口氣性壞疽、 [[ 食物 ]] 中毒、肌肉壞死、梭菌蜂窩織炎等，破傷風梭菌可引起破傷風，肉毒梭菌可引起肉毒中毒，典型臨床特徵是急性弛緩麻痹，先從雙側顱神經阻礙開始，包括面部、頭顱和咽部的肌肉，然後對稱性下降，包括喉部和肢體肌肉。由於舌或咽部肌癱瘓可引起的呼吸困難，隔膜和肋部的癱瘓可能引起死亡。

艱難梭菌於1935年首度發現，但直到1977年發現本菌與臨床長期使用某些抗生素（ [[ 氨苄青黴素 ]] 、頭孢黴素、 [[ 紅黴素 ]] 、氯林可黴素等）引起的偽膜性結腸炎有關才被重視。它廣泛分布於自然環境中，如 [[ 土壤 ]] 、乾草、沙、一些大型動物（牛、驢和馬）的糞便，及 [[ 狗 ]] 、 [[ 貓 ]] 、齧齒動物和人的糞便，除此之外還大量存在於水和動物的腸道中。

許多使用 [[ 抗生素 ]] 的患者都會有腹瀉的狀況產生。其中，大約70-80%的腹瀉是單純抗生素造成的副作用，但是其中有約20%是由艱難梭菌感染(Clostridium difficile)所造成。並非所有人接觸到艱難梭菌都會感染。在正常的人體腸道內，因有益生菌抑制其生長，所以鮮少造成不適。

嬰兒的糞便中常含有艱難梭菌，為新生嬰兒腸道中正常菌群，大約50% 12月齡嬰兒的腸道中有艱難梭菌，2歲以上兒童的帶菌率大約為3%，但此菌在健康成人中出現頻率較低，無症狀帶菌的成人在瑞典是1.9%，在日本為15.4%， 根據美國的統計，艱難梭菌相關腹瀉(C. difficile associated diarrhea)2008年的感染率是2000年的兩倍，而死亡率在這段期間有四倍的上升。死亡率快速上升除了因為病人嚴重度增加外，也與一種具高毒性的艱難梭菌菌株(type B1/NAP1/027)廣泛的散布於北美洲有關。<ref>[https://www.femh.org.tw/epaperadmin/viewarticle.aspx?ID=6537 使用抗生素後腹瀉 懷疑是困難梭菌搞鬼]亞東紀念醫院/感染科</ref>

臨床上對於感染艱難梭菌感染病患的處理，首先是停止不必要的抗生素使用，並補充水分及電解質。對於艱難梭菌的治療，首選抗生素是metronidazole及口服vancomycin。 [[ 美國 ]] 感染症協會(IDSA)建議是病人的嚴重程度來選擇不同抗生素治療，非嚴重病人metronidzole或口服vancomycin治療，效果相當。針對嚴重病患，建議口服vancomycin治療。

此外，病人、家屬或醫護人員手部清潔需要使用肥皂或chlorhexidine濕洗手，不能只用 [[ 酒精 ]] 性乾洗手，因為酒精性乾洗手無法殺死艱難梭菌的孢子。護理人員必須嚴格執行接觸隔離的措施，包括使用手套、隔離衣及醫療用品個別使用。

台灣 一名年約3歲的小弟弟，因罹患發炎性腸道疾病持續腹瀉血便而住院，又診斷出被高度抗藥性的困難梭菌感染，經常規抗生素治療無效，仍反覆感染，於長庚醫院接受「便便療法」，健康糞便捐贈者是自己的姊姊，以內視鏡方式將姐姐的腸道菌叢植入該病童腸道，狂腹瀉、血便症狀緩解許多，也順利改善腸道菌相的平衡。此案例為該院迄今接受便便療法的最小年齡病患。 2018年9月 衛福 部2018年9月 部 發布「特定醫療技術檢查檢驗醫療儀器施行或使用管理辦法（簡稱特管辦法）」，新增微菌叢植入術治療嚴重或反覆性困難梭菌感染(rCDI)。這項治療技術是透過將健康捐贈者的腸道菌叢，以灌腸、內視鏡或口服膠囊方式植入病人腸道，以恢復其腸道菌相平衡，達到治療效果。目前開放施行適用於反覆性或常規治療無效之困難梭菌感染病人。<ref>[https://www.setn.com/News.aspx?NewsID=568543 3歲弟染「困難梭菌」 狂拉肚子、血便　姊捐糞救奏效]三立新聞網</ref>