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微軟研究院（英語：Microsoft Research，縮寫為MSR）是微軟公司在1991年創立硏究不同的計算機科學主題與問題的分部。微軟研究院其中一個固定的目標為「支持長期的計算機科學硏究而不受產品周期所限」。

微軟研究院是目前世界頂尖的研究中心之一，有很多在計算機科學、物理學、數學受到高度公認的專家及許多著名科學獎項得主在微軟研究院，包括圖靈獎得主東尼·霍爾、詹姆斯·尼古拉·格雷，菲爾茲獎得主Michael Freedman，沃爾夫獎得主Laszlo Lovasz，MacArthur Fellow獎金得主Jim Blinn與Dijkstra Prize獎得主Leslie Lamport。

研究領域

微軟研究院的研究範疇可以被歸類為10大項：

1. 演算法與理論
2. 硬體發展
3. 人機互動
4. 機械的學習、適應與智慧
5. 多媒體與影像技術
6. 資料搜索、擷取與知識管理
7. 資訊安全與加密技術
8. 社會計算
9. 軟體發展
10. 系統、計算機體系結構、可攜系統與網路

微軟研究院有提供被稱為「微軟學者」的人才培育專案，微軟研究院每年會提供微軟學者獎學金與在國際、研究院的學習機會給學生。

全球各地的研究院

微軟研究院於班加羅爾、北京、劍橋、硅谷、雷德蒙德與舊金山擁有實驗室。

• 微軟雷德蒙德研究院：1991年設立於美國華盛頓州微軟雷德蒙德園區（Redmond，微軟總公司所在地），雷德蒙德研究院常與來自英國劍橋、中國北京、舊金山的研究員合作交流。

• 微軟亞洲研究院（MSRA）：1998年在北京成立，有上百位來自全球的研究人員與科學家，還有200多位客座研究員與學生支持研究，主要研究改良的用戶界面、網絡與無線通信，和新世代多媒體與亞洲消息處理技術等。

• 微軟英國劍橋研究院：1997年成立於英國劍橋，有超過百名的研究人員，主要研究機械學習、信息安全、數據挖掘、操作系統、編程與網絡技術等。微軟英國研究所也與劍橋大學的計算機研究室有密切的聯繫。

• 微軟硅谷研究院：2001年成立於硅谷。研究人員約25人，主要研究分布式運算，還有包括信息安全、可靠性、協議、資源定址器等研究。2006年8月與微軟灣區研究中心（BARC）合併。

• 微軟印度研究院：2005年1月成立於班加羅爾，研究人員約50人，並有大批實習生支持研究。主要再進行多領域的基礎研究及應用研究，並與多所學校與研究機構有密切交流。

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