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水師或水軍，是對漢字文化圈古代水上軍事部隊的稱呼；傳統水師在政府編制、軍事作用上，等於現代海軍。
中國水師
中國水軍史
一般來說，中國在鄭和下西洋前後，已有相當規模。中間雖有一段時間裁撤艦隊，但實力頗強。16世紀末，仍猶在世界強權列中。17世紀之後，清朝鎖國政策之下，水師實力銳減。
1874年日本派兵登陸台灣，清政府[1] 決定重整水師力量，建設新式海軍。將其水師分為三洋：北洋水師負責山東及以北之黃海、南洋水師負責山東以南及長江以外之東海，福建及兩廣等水師負責福建及南海。而以北洋水師而言，官制由上而下分為提督、總兵（分左、右翼）、副將、參將、游擊、都司、守備、千總、把總，而艦長稱為管帶。
台灣水師
康熙二十三年（1684），清朝領有臺灣之後，於臺灣設郡縣統治，並於福建等地調集綠營軍隊協防臺灣，初期設置水陸營十營，以萬人更替，24 三年輪班任，謂之班兵。25 然因，清廷蠲豁臺灣各種稅賦三年，故此時期的臺灣綠營兵，三年內的薪俸皆由朝廷支付。26 臺灣綠營的出現，比其他地區晚了四十年（1644–1684）。27清代的水師依軍政系統分八旗水師與綠營水師，八旗水師主要以維護駐地安全，巡防為輔，不分內河及外海，如廣州水師、福州水師即為 八旗水師；綠營水師因統籌直省水師營務，部分地區分內河水師、長江水師及外海水師。內河水師、長江水師、外海水師的編制相同，但戰船型式則不同。清代設有綠營外海水師之處，北起遼東，南至瓊州，及周邊沿海島嶼皆設置之。臺灣因腹地較大，四周環海，故設有水師及陸師。清代綠營水師與八旗水師在功能上與編制上完全不同，它們相互之間並沒有太多對話與合作機會，在軍事的防衛上更是各司其事，甚為可惜。八旗水師在各種戰事的參與方面，幾乎沒有任何作用。
臺灣水師鎮由福建陸路提督及福建水師提督28管轄。福建水師提督設置於康熙元年（1662）、康熙七年裁撤、康熙十六年復設。水師提督駐同安縣廈門，管轄本標中、左、右、前、後五營，康熙二十三年（1684）之後管轄金門、海壇、臺灣、南澳、福寧五鎮，仍聽閩浙總督節制。29 福建水師提督雖控有五鎮，但其中只有三鎮為水師鎮，福寧鎮左營、廣東南澳鎮左營因屬水師亦節制之，銅山水師營、湄州水師營由其兼轄。30 提標轄下設參將，中營遊擊 4 人，左營駐石碼鎮，右營駐廈門，前營駐後崎尾，後營駐內校場；守備 5 人，一駐本營，四分防浯嶼、霞溪、廈門港、局口各汛；千總 10 人，9 駐本營，一防海門汛；把總 20 人，17 駐本營，三駐高崎、海滸、三叉河各汛；經制外委 30 人、額外外委 20 人。31 福建水師提督，是清朝設置水師提督存續時間最長者，與浙江水師提督於康熙元年同時設立。但其重要性凌駕於浙江水師提督以及廣東水師提督之上。乾隆朝以前，施琅家族以及黃梧家族在水師提督任上，有相當大的影響力。施琅與其子施世驃共擔任 33 年。