系統生物學中的蛋白質組學·方法與實驗指南

系統生物學中的蛋白質組學·方法與實驗指南

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書名 ：系統生物學中的蛋白質組學·方法與實驗指南 類別 ：文學 出版時間 ： 2024-07

《系統生物學中的蛋白質組學·方法與實驗指南》，[加] 詹妮弗·格迪斯-麥卡利斯特（Jennifer Geddes-McAlister） 著，王宜強，張慶華，王牧 譯，出版社： 科學出版社。

內容簡介

《系統生物學中的蛋白質組學方法與實驗指南》是Springer/Humana出版社出版的《分子生物學方法》（Methods in Molecular Biology）系列叢書之第2456卷，主要介紹了基於質譜分析的蛋白質組學技術在系統生物學研究中的應用，着重於技術方法，輔以相關理論及注意事項。在研究對象方面，涵蓋了目前生物或醫藥研究領域常用的細菌、真菌、植物、動物和人類等物種；包括了組織、細胞、細胞器、分子等不同層面的蛋白質組學，還包括了健康（生理）或疾病（病理）狀態下蛋白質組的變遷。在研究過程方面，從起初的樣本製備（甚至更早期的植物樣本培育），到中間的樣本處理和檢測、數據採集和分析，再到*後的深度挖掘，給讀者一個全鏈條的逐步操作指南。對於一些重要的操作環節，則通過「注釋」的方式進一步拓展，幫助更深入地了解相關步驟的關鍵或其理論支撐。《系統生物學中的蛋白質組學方法與實驗指南》除作為蛋白質組學專業人員或質譜領域技術人員的操作指南外，還可幫助其他專業領域的人員如何通過該技術解決本專業遇到的技術問題。

目錄

• • 章蛋白質組學實驗流程中的隱蔽成本1

AichaAsmaHoufaniandLeonardJamesFoste

第二章基於dia-PASEF技術和高通量質譜的蛋白質組學9

PatriciaSkowronekandFlorianMeier

第三章小鼠腦組織去垢劑不溶性蛋白質的分離及數據非依賴性採集定量分析18

CristenMolzahn，LorenzNierves，PhilippF.Lange，andThibaultMayor

第四章齧齒動物肺組織樣品製備和鳥槍法蛋白質組學分析33

HadeeshaPiyadasa，YingLao，OlegKrokhin，andNeelofferMookherjee

第五章用於細菌蛋白質組學分析的蛋白質純化和消化方法40

NicoleHansmeier，SamrachanaSharma，andTzu-ChiaoChao

第六章利用靶向胞膜的Subtiligase繪製細胞表面蛋白水解圖譜46

AspasiaA.AmiridisandAmyM.Weeks

第七章組織和液體活檢樣本的N末端組學55

AnthoniaAnowai，SameekshaChopra，BarbaraMainoli，DanielYoung，andAntoineDufour

第八章HUNTER：通過N端富集對微量樣本蛋白水解系統進行表徵的高靈敏自動方案62

AnuliC.Uzozie，JaniceTsui，andPhilippF.Lange

第九章胰島的磷酸化蛋白質組學和細胞器蛋白質組學80

OzumSehnazCaliskan，GiorgiaMassacci，NatalieKrahmer，andFrancescaSacco

第十章真菌病原體全磷酸化譜分析及磷酸化蛋白質組學樣品製備91

BriannaBall，JonathanR.Krieger，andJenniferGeddes-McAlister

第十一章以糖肽為中心的微生物糖蛋白質組表徵方法99

NichollasE.Scott

第十二章利用多蛋白質組學數據開展整合集成網絡探究111

RafeHelwerandVincentC.Chen

第十三章啤酒酵母分子複合體的單步親和純化方法及靶向交聯質譜分析119

ChristianTrahanandMarleneOeffinge

第十四章微管相關蛋白結構分析的交聯質譜方法135

AtefehRafieiandDavidC.Schriemer

第十五章應用生物素鄰近標記技術對核受體進行互作組學作圖143

LyndaAgbo，SophieAnneBlanchet，Pata-EtingKougnassoukouTchara，AmélieFradet-Turcotte，andJean-PhilippeLambert

第十六章通過蛋白質組學數據庫挖掘揭示功能性假基因155

AnnaMellerandFrancois-MichelBoisvert

第十七章細菌病原體-宿主互作蛋白質組學分析揭示新型抗菌策略162

ArjunSukumaranandJenniferGeddes-McAlister

第十八章沙門菌感染致小鼠巨噬細胞「修飾膜」蛋白質組學解析169

Tzu-ChiaoChao，SaminaThapa，andNicoleHansmeier

第十九章互作蛋白質組學在分子製藥中的應用177

NicholasPrudhomme，JonathanR.Krieger，MichaelD.McLean，DougCossar，andJennifer

Geddes-McAlister

第二十章對小麥赤霉病發病機制的無標記定量蛋白質組學分析185

BoyanLiu，DanishaJohal，MitraSerajazari，andJenniferGeddes-McAlister

第二十一章數據非依賴型採集蛋白質組學和機器學習幫助快速鑑定生物樣本中的細菌類別193

FlorenceRoux-Dalvai，MickaelLeclercq，ClarisseGotti，andArnaudDroit

第二十二章新型生物信息學策略促進動態宏蛋白質組學研究206

CaitlinM.A.Simopoulos，DanielFigeys，andMathieuLavallée-Adam

第二十三章MaxQuant模塊鑑定多肽基因組變異的應用218

PavelSinitcyn，MaximilianGerwien，andJürgenCox

第二十四章真菌種群的非靶向代謝組學分析224

ThomasE.WitteandDavidP.Overy