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藻礁自然便是由藻類所建構的礁體是來自植物，是石灰藻類沈積碳酸鈣而成的， 藻礁的建造者為種類眾多的石灰藻類（calcareous algae）； 當石灰藻在較為固定或堅硬的基質表面生長時，經由鈣化作用沈積碳酸鈣， 它會膠結貝類（例如牡蠣）空殼碎片及其他生物死後遺留下來的骨骼並將其固定。 當石灰藻類死後留下此一底質又為後來者所利用，如此周而復始慢慢地沈積而成藻礁。 它累積的速率很慢，推估其厚度的年增長約在0.5mm以下， 藻礁是一層一層鈣化組織經過漫長時間堆積而成，生長的速度並不快， 要沈積到六十公分的厚度，可能至少需要兩千年以上的時間。